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蛋白质去折叠 (Protein Unfolding) 蛋白质变性学说和体外蛋白质折叠 70多年前，我国著名生物化学家吴宪教授就提出了著名的蛋白质变性理论，即“天然蛋白质之分子，因环境种种之关系，从有序而坚密之构造(即天然态)，变为无序而散漫之构造(即去折叠态)，是为变性(即去折叠)作用(Protein denaturation, Protein unfolding)”。 如数分子相撞而缠结，则为凝固作用。蛋白质变性之种种事实，均可以此说解释之。 由蛋白质变性学说可知，“无次序散漫之构造”就是蛋白质折叠研究中所说的“去折叠态” 。 去除变性因素后，自动恢复到“有次序而坚密之构造”称为蛋白质的复性，就是蛋白质折叠研究中的“折叠” 。 所以，蛋白质去折叠和蛋白质折叠互为逆过程。 蛋白质去折叠研究探讨蛋白质由天然态变为去折叠态的机制，从而从逆向思维的角度回答一级结构怎样决定高级结构的问题，而吴宪教授提出的蛋白质变性学说则构成了蛋白质去折叠研究的经典开拓工作。 主要研究手段 蛋白质去折叠的实验研究手段，主要采用物理学方法配合各种生物化学和分子生物学方法。 如X射线晶体衍射分析，二维及多维核磁共振波谱分析，电镜的三维重组分析，电子和中子衍射技术，波谱技术（如圆二色谱、红外、拉曼、荧光和紫外等），质谱技术，微量热技术以及近几年发展起来的扫描隧道显微技术（STM）和原子力场显微术（AFM)等。 理论方法在蛋白质去折叠研究中已经占据一定的地位，其发展势头引人注目。 实践证明，在一定范围内理论手段（如分子图形学方法、分子动力学模拟、半经验势能计算和量子力学计算等）确实是有效的。 促使蛋白质去折叠常用的方法 实验中促使蛋白质去折叠使用的方法主要有：变性剂诱导、温度诱导、压力诱导、pH诱导和蛋白酶诱导。 近年来，出现了电荷诱导（Charge－Induced）及外力诱导（Force－Induced）这两种新的方法。 2000年，Darwin O.V.Alonso 和Valerie Daggett研究了葡萄球菌蛋白A的B、E结构域，通过分子动力学模拟实验，阐明了体外B与E去折叠机制并比较了两者之间的差异。 Darwin O. V. Alonso and Valerie Daggett*. Staphylococcal protein A: Unfolding pathways, unfolded states, and differences between the B and E domains. PNAS, 2000, 97 (1), 133–138. 结构简介 葡萄球菌蛋白A包含五个同源结构域，从N末端到C末端依次命名为：E，D，A，B和C。每个结构域是由57－60个残基组成的三?-螺旋串。 实验方案 Darwin O.V.Alonso 和Valerie Daggett对B和E结构域各进行了一个天然态、两个去折叠态共六组模拟。此外，他们还对B域10－55片段进行了两组去折叠实验以及一组B域序列、Z域核磁共振结构（称之为BZ域）天然态模拟。 天然螺旋被画成蓝色的条带（沿y轴），当螺旋去折叠时，这些条带随时间（x轴）变为紫红色然后变为白色。 在所有的去折叠模拟中，螺旋的行为有一些共同点，H3具有一个引人注目的较高的螺旋率。所有的螺旋随时间部分去折叠和重折叠。 结 论 由实验结果可得到以下4个结论： 1、B、E、BZ在298K的模拟实验中是稳定的； 2、H3在去折叠条件下是最专一的螺旋； 3、H1、H2的相对稳定性依赖于他们所处的结构域； 4、B结构域具有一个比E结构域更紧凑的去折叠态。 借助原子力显微镜（atomic force microscopy）或激光镊子（laser tweezer）产生的外力进行蛋白质去折叠实验是利用化学变性剂或温度这些较经典技术的实验的有益补充。 外力诱导去折叠对于生物功能中受机械张力的蛋白特别有益。 最近，原子力显微技术及激光镊子实验注重用外力研究去折叠的单个蛋白分子。这种方法提供了以前不曾得到的单一分子的信息。 通过分子动力学模拟(molecular dynamics simulations, MD),得出的结果分析起来是理想的，同时也研究了单一分子的行为。 2000年，Banuele Paci和Martin Karplus利用原子力显微镜和激光镊子对两种β- sandwich蛋白（纤连三型蛋白和免疫球蛋白结构域）和两种α- helical蛋白（α- 血影蛋白结构域和酰基辅酶A结合蛋白）进行了研究，得出了一些有价值的实验结果。 Emanuele Paci and Martin Karplus*. Unfolding proteins by external forces and temperature: