基因芯片2培训课件.pptVIP

基因芯片原理及其在细胞生物学中的应用 周士新 座机电话号码 北京大学医学部细胞系 1。基因芯片的概念和原理 2。基因芯片的类型 3。基因表达的数据分析 4。细胞学应用实例介绍 1,基因芯片的概念和原理 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（DNA microarray）， 是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息,实质是核酸碱基的互补匹配。 把大量已知序列探针集成在同一个基片上，经过标记的若干靶核酸序列通过与芯片特定位置上的探针杂交。 利用基因芯片杂交检测图像，可以对生物细胞或组织中大量的基因信息进行分析。 基因芯片能够在同一时间内分析大量的基因，实现生物基因信息的大规模检测。 基因芯片的相关知识 应用原则 测基因表达水平的微阵列应用最为广泛是比较试验 为了提高实验的可靠性，对于同一样本，往往有两次或更多次的重复实验;由于 DNA 微阵列的费用较贵，不可能重复足够多的次数来满足实验数据分析的要求 良好的模型 除比较因素外,其他尽量相同 ，时间点的选择 适当的统计方法来分析数据 基因芯片的类型 分子生物学的认识, 2004 表观遗传学（epigenetics） 是指在基因组中除了DNA和RNA序列以外，还有许多调控基因的信息，它们虽然本身不改变基因的序列，但是可以通过基因修饰，而影响和调节遗传的基因的功能和特性。 表观遗传的的信息也被称为第二遗传密码，它是建立在我们熟知的经典遗传密码（3联密码）之外的遗传信息，高等生物的发育调控是通过对其二倍体基因组的选择性表达来实现的。 主要有:DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑、RNA剪辑 Oligo 寡核苷核 芯片 Oligo 寡核苷核 芯片 介绍 公司 美国Affymetrix 推动 主要特点是超高密度 核苷酸长度较短 60nt Affymetrix 光脱保护合成法 Each probe 25 bp long 11-20 probes per gene Perfect Match PM as well as MisMatch MM probes cDNA 基因芯片样品标记 图像分析 网格Gridding: identify spots automatic, semiautomatic, manual 分割Segmentation: separate spots from background. Fixed circle B , Adaptive circle C, Adaptive shape D , Histogram 强度提取Intensity extraction: mean or median of pixels in spot 背景修正Background correction: local or global 质量控制 Gene specific: whether recognize unique sequences in these genes? Array specific: normalization factor, genes present, linearity, control/spike performance e.g. 5’/3’ ratio, intensity Across arrays: linearity, correlation, background, normalization factors, noise 基因芯片的其它类型 研究的对象（探针的针对对象） 用途 启动子芯片简介 染色质免疫共沉淀（chromatin immunoprecipitation, ChIP）技术 该技术的主要方法是：将细胞先用甲醛固定，使DNA和蛋白质交联，再用DNA结合蛋白（转录因子和核酸结合酶类）的特异性抗体将蛋白质和DNA一起沉淀下来，与蛋白质解离后的DNA经过PCR扩增，并用荧光标记后，与芯片上的核酸探针杂交，通过杂交信号的检测，判定该DNA结合蛋白与何种基因结合，由于DNA结合蛋白通常与基因的启动子区结合，也称为启动子区基因芯片。 Tiling microarray 简介 Unbiased寻找转录因子的位点 TFBS Miska et al. 2005 current opinion in genetics 基因芯片需考虑的事项 组织或细胞的类型 基因表达的时间性及空间性 基因表达的方式、丰度 时间和空间特异性 基因表达的方式 管家基因与奢侈基因 管家基因（housekeeping gene）--在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达的基因。 组成性基因表达 constitutive gene expression 奢侈基