实用生物信息技术期中考试.docVIP

实用生物信息技术期中考试 北京大学生命科学学院3班A卷 2009年4月30日 姓名_________________ 座位号PKU09S3______________ 得分______________ 209hba.fasta中注释字母“HBA_” 9）构建玉米转录因子CDS序列（zmtf-cds.fasta）本地BLAST数据库，以拟南芥转录因子SPL3的DNA结合结构域蛋白质序列（atsbpd3.fasta）搜索期望值E0.001的相似序列 10）用Phylip软件包距离法构建12个人珠蛋白家族(12globin.fasta)的系统发育树 举例说明以下EMBOSS程序的用途和具体用法 1）seqret 2）dottup 3）needle 4）plotorf 5）pepinfo 6）patmatmotifs 7）prettyplot 8）prophecy 9）etandem 10）compseq 以小鼠血红蛋白A链（P01942）为检测序列进行BLAST搜索，找出Swiss-Prot数据库中所有小鼠珠蛋白（Globin）家族成员以人血红蛋白A链（P01942）为检测序列进行BLAST搜索，找出Swiss-Prot数据库中所有人珠蛋白家族成员。根据BLAST算法，说明上述搜索过程中设置参数的原则和对搜索结果的影响。用邻接法（Neighbor-joining）和最大简约法（Maximum Parsimony）对搜索到的小鼠和人珠蛋白家族构建系统发育树，画出两种树的拓扑结构，并比较它们的异同。从PFAM数据库中提取SBP转录因子家族DNA结合结构域种子序列，构建隐马氏模型，并用来搜索以下序列是否为SBP转录因子，给出搜索结果E值：NP_171611、NP_565771、NP_563624。阅读有关文献，说明隐马氏模型用于序列分析的基本原理。以研究课题相关核酸和蛋白质序列为例，说明利用WebLab、ExPASy或SRS分析工具进行实际分析的思路和基本分析步骤，给出主要分析结果。 简述选修本课程目的，谈谈学习收获、体会和遇到的困难；是否缺课，缺课原因和补救措施；简述下半学期学习计划，提出改进本课程教学意见和建议。 6