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利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs 　　摘 要：【目的】预测鉴定甜橙miRNA及其作用机制和功能，为深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相关miRNA的作用等提供翔实的基因信息。【方法】利用高通量测序技术、相关的生物信息学软件和数据库，构建甜橙小RNA文库，然后以甜橙基因组为参考基因组，进行甜橙miRNA鉴定和靶基因预测；利用GO和KEGG数据库对靶基因进行功能分析。【结果】成功构建了甜橙小RNA文库：获得12 617 944条小RNA序列分属于3 065 625种小RNA序列，获得序列中24 nt长的序列最多，占到序列的49.3%。鉴定出2 199 561条miRNA，其中已知miRNA638 722条，分属52种miRNA家族，候选miRNA1 560 839条，分属204种miRNA。已知的52种保守miRNA基因预测出927个靶基因位点，候选miRNA中有154种预测出1 777个靶基因位点。GO数据库对靶基因分类显示，甜橙miRNA调控的靶基因主要参与多细胞互作、转录本调控和细胞组成等生物学途经和分子功能方面。KEGG数据库中病原物与寄主互作亚库分析结果显示，靶基因主要与抗性蛋白、转录因子和抗病酶等关联。【结论】预测鉴定出一批甜橙miRNA及其调控的靶基因，为进一步研究提供了参考信息。 　　关键词： 甜橙； miRNA； 靶基因； 高通量测序 　　中