11转录调控的信息学精读.pptVIP

一、TRANSFAC数据库（ ） 1307 CELL 50 CLASS 1504 GENE entries with SITE links 195 S.cerevisiae 115 A.thaliana 145 D.melanogaster 417 M.musculus 608 H.sapiens 其中： 2397 GENE all entries 398 MATRIX 7915 SITE 368 S.cerevisiae （啤酒酵母） 1751 A.thaliana （拟南芥） 233 D.melanogaster （黑腹果蝇） 765 Mus musculus （小鼠） 1040 Homo sapiens（人类） 其中： 6133 FACTOR TRANSFAC_7.0 Table TRANSFAC 7.0数据库收集的数据 * BIOINFORMATIC ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL REGULATION 引 言 第 一 节 、基因转录调节的基本模式 二、 基因转录调节机制的研究方法 实验方法： 荧光素酶报告基因（luciferase report gene） 凝胶迁移（electrophoreticmobility shift assays） 染色质免疫沉淀（chromosome immunopreciation，ChIP） DNase 足迹法（DNase footprinting） 信息学分析 转录调控的高通量实验测定 第 二 节 一、ChIP技术 创立者：上世纪八十年代末，Alexander Varshavsky等人 甲醛交联，稳定蛋白质-DNA复合物 裂解细胞，分离蛋白质-DNA复合物 加入特异性抗体，沉淀蛋白质- DNA复合物 去交联，纯化DNA 应用PCR技术，特异性扩增目的DNA片段 特点： 基本实验过程： 针对某一特定候选转录因子，是否特异性结合于所调节的靶基因某一预定区域内，如启动子区，进行检测。 对同一DNA底物, 可以运用多种不同的抗体, 分别进行免疫共沉淀,以确定多种结合蛋白在同一染色质片段上的结合。 Negative control Amplify DNA and Label Cross-link whole cells with formaldehyde Isolate genomic DNA Add protein-specific antibody Immunoprecipitate and purify imminocomplexes Reverse cross-links and purify DNA Sonicate DNA to produce sheared, soluble chromtin ChIP- PCR Target gene No DNA Input DNA IgG Sp1 c-Fos c-Jun PCR Hybridize to arrays ChIP- chip sequencing Region sequenced ChIP- seq 二、ChIP-chip技术 创立者： 2000年，Richard A. Young等人 ChIP和芯片技术的联合运用 全基因组范围内的定位分析 靶基因群的高通量分析 不足之处： 特点： 成本较高 结果分析的标准化尚待完善 分辨率较低，大于200 bp 基因芯片是 “封闭系统”, 只能检测已知序列 三、ChIP-seq技术 创立者： 2007年，Steven J.M. Jones等人率先提出的 特点： 染色质免疫沉淀后的DNA，直接进行高通量测序。 是一个“开放系统”。它可以检测更小的结合区段、未知的结合位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段。 成本低，周期短，省去了标记和杂交等步骤，并且勿需多次重复实验，极大提高了工作效率。 分辨率可提高到30-50bp。 转录因子结合位点的信息学预测方法 第 三 节 一、转录因子结合位点的的表示方法 （一）共有序列（consensus sequence） （二）位置频率矩阵（position frequency matrix） （三）序列标识图（sequence logo） 一、转录因子结合位点的的表示方法 （一）共有序列（consensus sequence） 将能与同一个转录因子结合的所有DNA 片段按照对应位置进行排列，在每个位置上选择最可能出现的碱基，就组成了该转录因子结合位点的共有序列。 共有序列中用A、C、G、T 之外的字母来表示结合位点中各个位置上可能出现的碱基组合，这些字母称为IUPAC 简并码。 共有序列的表示方法简明易懂，却不能够反映每个位置上不同碱基出现的概率。 A or C M A,