第七章蛋白质结构预测的原理与方法-中北大学汇编.pptVIP

第七章：蛋白质结构预测的原理与方法 第一节：引言 第二节：影响蛋白质折叠的因素 第三节：蛋白质结构分析与蛋白质结构数据库 第四节 二级结构预测 第五节 三级结构预测 第六节 蛋白质结构预测发展趋势 第一节：引言 蛋白质的 4 级结构 一级结构（Primary） - 氨基酸序列 二级结构（Secondary） - ? 螺旋（alpha helix） - ? 片层（beta sheet） - 盘绕（旋转） 三级结构（Tertiary） - 3D 构象 四级结构（Quaternary） - 多肽链组合 对蛋白质进行结构预测研究主要是基于两种需要发展起来的：首先是蛋白质的氨基酸序列与其三维空间结构的关系可以看作是分子生物学中心法则的延伸；其次，蛋白质结构的信息对于生物学研究的各个相关方面都有重要的作用。 从数学上讲，蛋白质结构预测的问题是寻找一种从蛋白质氨基酸线性序列到蛋白质所有原子三维坐标的映射。 蛋白质结构预测的一般流程如下：P149 蛋白质结构预测主要有两大类方法： 一类是理论分析方法或从头预测方法是指通过理论计算（分子力学、分子动力学）进行结构预测，该方法假设折叠后的蛋白质取能量最低的构象。从原则上讲，此种方法可行，但在实际应用中此法不合适。原因： （1）自然的蛋白质结构和未折叠的蛋白质结构两者之间能量差异非常小； （2）蛋白质可能的构象空间庞大，针对蛋白质折叠的计算