培训课件-现代分子生物学技术.ppt

2. SNP在人类基因组中出现的频率 SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达1700万个甚至更多。 There is one SNP in every 1000 bases leads to an estimate that any two individuals differ by up to three million SNPs. 在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP(coding sNP,cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。 3. SNP检测方法 目前已有多种方法可用于SNP检测： ★根据DNA列阵的微测序法； ★动态等位基因特异的杂交； ★寡聚核苷酸特异的连接； ★ DNA芯片以及TaqMan系统等。 但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。 4. SNP用作遗传标记的优点 (1) SNP在人群中是二等位基因性的，在任何人群中其等位基因频率都可估计出来。 (2)它在基因组中的分布较微卫星标记广泛得多。 (3)与串联重复的微卫星位点相比，SNP是高度稳定的，尤其是处于编码区的SNP(cSNP),而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难。 (4)部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平，因此，它们本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点。 (5)易于进行自动化分析，缩短了研究时间。 5. SNP的意义 对于人类来说，SNP的意义在于： １、致病SNP ２、疾病易感性SNP ３、具有诊断价值的SNP ４、疾病的SNP谱 ５、人表型相关SNP ６、药物作用与不良反应的SNP ７、药物剂量SNP 日本学者发现糖尿病基因的个人SNP差别 日本研究人员最近经过研究发现，与糖尿病有关的基因并不是千篇一律，它们之间存在着个人差别，即“单核苷酸多态性”（SNP）。 预计今后SNP将在下列领域发挥重要作用： (1)进行简单和复杂疾病的遗传连锁分析(linkage analysis)及关联分析(association analysis),用于疾病易感基因定位；而且其定位的精度将比微卫星标记精细得多，可直接用于指导易感基因克隆。 (2)在“药物基因组学”(pharmacogenomics)研究中，可通过检测SNP的遗传多态性标记揭示人群中不同个体对不同药物的敏感性差异的根本原因。 (3)也可用于法医研究的罪犯身份的鉴别、亲子鉴定等，此外在器官移植中供体和受体间的配对选择及物种进化的研究中都将具有重要意义。 分子标记技术在植物研究中的应用 分子遗传图谱的构建 遗传多样性与种质鉴定 重要农艺性状相关基因的定位 分子标记辅助选择 重要农艺性状的图位克隆 浏览以下网站 国内： 天大生物信息中心 北大生物信息中心 中国生物信息/ 国外 美国国家生物技术信息中心(NCBI) 欧洲生物信息学研究所(EBI) http://www.ebi.ac.uk /sw/03.htm SNP在“药物基因组学”(pharmacogenomics)研究中应用 不同个体的药物反应（主要指药效与毒性）差异与DNA多态性的关系。即通过DNA序列差异的分析，从基因水平上深入认识疾病及药物作用的个体差异的机理，指导和优化临床用药。并有可能在此基础上发展个体化医疗 SNPs affecting drug effects Polymorphisms in enzymes that metabolize drugs are responsible for unexpected toxicity after administration of a normal drug dose. SNPs in the coding regions of genes of the enzymes necessary for the biotransformation of endogenous and exogenous compounds can decrease or even prevent drug metabolism. Cytochrome P450 细胞色素Ｐ450 (CYP)同功酶是药物代谢酶并显示了基因多态性。人体内有六种不同的细胞色素Ｐ450 ：CYP1A2 , C