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生物信息学论文 题目 基于 matK基因序列的8种石杉科系统树分析 学号 104120122 姓名 白 雪 洁 学院 生命科学学院 专业、班级 生科10C 指导教师 孟 丽 华 云南师范大学教务处编印 基于 matK基因序列的8种石杉科系统树的分析 生科10 C 白雪洁 104120122 [摘要 ]　利用叶绿体 m atK基因序列探讨 8种石杉属植物的系统发育亲缘关系。利用Clustal X 2.0和MEGA 4.0软件对8种石杉属植物的叶绿体matK基因序列进行比对和分析， 构建分子系统树。 结果 ：选择与石杉科亲缘关系相近的石松科中的垂穗石松 L. cernua为外类群 ,对石杉属 8个种的 m atK基因序列进行分析 ,构建最大简约树 (MP)和邻接树 (NJ) ,构建出的 2种拓扑树是一致的 ,在这里展示简约树如图 1和图2。树长为 369步 ,一致性指数 (CI)为 01891 6,维持性指数 (R I)为01829 4。各种之间的 m atK基因序列差异性见表2 ,利用 MEGA 4软件计算种与种之间的遗传距离在4.6% ～99.9% ,平均遗传距离为42.9% 。结论：系统树显示小杉兰组和蛇足石杉组植物分别聚于不同进化枝 ,形成 2个据群 ,其靴带支持率分别为89%和 92%。在小杉兰组进化枝内部皱边石杉 H.appressa和南川石杉 H. nanchuanensis聚为一支具有31%的内部支持率;东北石杉 H. m iyoshiana和小杉兰 H. selago聚为一支 ,支持率为 59% ,西藏石杉 H.chinensis单独为一支。而蛇足石杉组进化枝内部蛇足石杉 H. serrata和中华石杉 Huperzia lucidula聚为一小支 ,内部支持率为 53% ,长柄石杉 H.longipetio2lata、 四川石杉 H. sutchueniana聚为一小枝 ,支持强度为 77%。 [关键词 ]　 石杉属 ;系统发育; 系统树 ；叶绿体matK 基因； 引言： （1） 石杉科植物的分类概况 石杉科是一类多年生小型草本植物, 土生、 附生或生于苔藓层中, 喜阴凉潮湿环境。 石杉科2 属约150 种, 广布于全世界, 尤以热带中南美洲为最多; 我国有2 属近50 种, 广布全国[1]。石杉科 Huperziaceae植物为多年生小型草本植物 ,土生、 附生或生于苔藓层中 ,喜阴凉潮湿环境。石杉科植物中含有多种化学成分 ,其中有生物碱类、 黄酮类、三萜类化合物等[12 3],生物碱类成分石杉碱甲 (hu2perzine A, hup2 A)是其主要有效活性成分[4,5]。石杉科植物属于蕨类植物 ,生长速度缓慢 ,生长周期很长。从孢子萌发到长成植株通常需 8～10年时间。由于它扎根浅表 ,采集时被连根拔起后便不能再生。随着以hup2 A为主要成分的药品在临床上的广泛应用 ,造成了以提取 hup2 A为原料的石杉科植物资源的极度匮乏。石杉科植物由于植株矮小 ,个别种之间在形态上很难区分 ,特别是石杉属中的长柄石杉与蛇足石杉 ,伏贴石杉、 东北石杉、 小杉兰之间利用形态学的特征很难鉴定 ,针对这一状况 ,作者利用分子生物学的方法 ,通过种间的遗传距离及基因序列的碱基差异对其进行鉴定 ,期望为石杉属植物的种间鉴定提供参考依据。石杉科植物分为 2属约 150种 ,广布于全世界 ,尤以热带中南美洲为最多 ,我国有 2属近 50种 ,广布全国[11 ]。张丽兵[12, 13 ]先后对我国的石杉科石杉属 Huperzia Bernh. 植物进行了分类 ,并将其分为小杉兰组 (Sect . Huperzia)和蛇足石杉组 ( Sect . Serra2tae) 2个组 ,记述前者 12个种 1个变种 ,后者 12个种。 （2）、 石杉科石杉属分组检索表: 1. 叶片具锯齿或细锯齿 1. 蛇足石杉组Sect. Serratae (Rothm. ) Holub???????????1. 叶片全缘 ???????????????????????????2. 小杉兰组Sect. Huperzia 石杉科马尾杉属分组检索表: 1. 成熟枝下垂或