CM和PBL教学在生物信息学中结合的应用研究和深入探索.docVIP

CM和PBL教学在生物信息学中结合的应用研究和深入探索 　　 一 当代医学高等教育和医学人才培养的特点及要求 　　 1 当今医学高等教育的重要特点――学科交叉 　　 交叉学科是以单学科或多学科结合为表现形式的由两门或两门以上的学科相互渗透、融合而成的综合学科[1]。学科的综合、交叉、融合已经成为当代科学的发展趋势。生物、医药、健康、环境等关系到人类生存和发展的领域不断给我们提出单一学科的知识所不能解决的复杂课题，学科之间因此相互融合与渗透，涌现出众多的新兴交叉学科，并使得各种高水平的创新成果应运而生。这种学科发展趋势是高等教育面临的新特点，同时也对高等教育提出了新要求。 　　 2 当今医学人才培养的特点――创新人才培养 　　 培养创新人才已经成为高等教育界共同的价值追求，其不仅是理论问题，更是重要的实践课题[2]。2006年1月26日中共中央、国务院做出了关于“实施科技规划纲要，增加自主创新能力”的决定。确定要“全面实施规划纲要，经过15年努力，到2020年使我国进入创新型国家行列”，并强调要“深化教育改革，加快教育发展，推进素质教育和创新教育，为建设创新型国家培养结构合理、素质优良的各级各类人才”。培养创新人才已是高校构筑人才培养模式的根本目标。 　　 3 带来的挑战 　　 在上述背景下，交叉学科的教育开展与创新人才培养成为亟待解决的问题。要解决这个问题，必须从人才培养方案、教学计划修订、课程体系改革、课程教学改革等多方面入手。但无论如何改革，最终的落脚点都是课程的教与学。因此，如何根据时代发展的需要，采用高质量的交叉学科课程教学方法、改革课程重知识传承的单一功能、培养医学创新人才是摆在我们面前的一个不可回避的课题。本文从课程教学改革的角度和层面，来探索新形势下大学课程的教学模式。 　　 二 改革研究载体课程――生物信息学 　　 生物信息学是典型的交叉学科课程，是用数理和信息科学的观点、理论和方法去研究生命现象、组织和分析呈现指数增长的生物医学数据的一门学科[3]。它主要包括两重含义：一是对海量数据的收集、整理与服务，即管理好这些数据;二是从中发现新的规律，即利用好这些数据。在基因组和蛋白质组研究时代，它是医学、药学、生物学的研究载体和必要工具。与其他的生物医学学科相比，主要有以下三大特点：第一，以生物医学数据库为基础，数据极其庞大复杂。第二，操作分析主要依靠计算机为工具，在互联网环境中运行，通过网络强大的搜索功能实现数据收集、储存、管理与提供。第三，是一门生物医学、信息科学、计算机科学等诸多学科综合交叉的前沿产物，与其他学科相比，综合交叉性强、难度大、发展时间短、还在不断完善与更新中。因而目前还没有成熟的生物信息学教学模式，各高校、尤其是医学院校，尚处于摸索探讨的阶段。 　　 三 生物信息学教学改革详述 　　 1 课程改革（教学）目标 　　 探索CM教学法与PBL教学法结合应用模式，并以交叉学科课程“生物信息学”为研究平台，将CM教学法与PBL教学法结合应用于生物信息学教学。从具体的操作层面上探讨教学模式的变革这个涉及人才培养活动中最基本、最直接、最核心的问题，构建一种可操作性很强、关键能力培养效果显著、以能力培养为中心的新的教学模式。 　　 2 课程教学模式运用 　　 CM教学法与PBL教学法结合使用。教学分小组进行，以“自主式学习”为核心，以教师的辅助、指导与管理为学生保驾护航，按照CM和PBL的特点进行无缝连接，形成一种包含自主式、启发式、探究式、参与式、讨论式等多种方式的新的教学实施模式。 　　 3 问题集和案例集的制定 　　 （1）问题集的制定 　　 问题集分为A、B、C、D、E五大模块，具体如下。 　　 A：生物数据库的检索和使用。 　　 A1：如何利用Entrez系统检索和使用常用生物数据库？A2：如何利用SRS系统检索和使用常用生物数据库？ 　　 B.生物数据库的理解和识别。 　　 B1：如何理解和识别基因序列数据库Genbank、EMBL、DDBJ？B2：如何理解和识别蛋白质序列数据库PIR、SwissProt？B3：如何理解和识别蛋白质模体功能数据库Prosite？B4：如何理解和识别大分子结构数据库PDB？B5：如何理解和识别生物功能数据库KEGG、GO？B6：如何理解和识别基因组数据库GDB？ 　　 C：生物序列比对分析。 　　 C1：什么是双序列比对和多序列比对？C2：如何利用blast软件进行双序列比对？C3：如何利用Clustal W/X软件进行多序列比对分析？ 　　 D：核酸序列分析。 　　 D1：如何进行重复序列分析？D2：如何利用数据库搜索比对确定编码序列？D3：如何利用编码区统计特性分析确定编码序列？D4：如何进行启动子分析？D