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Ribonuclease A: Amino Acid Sequence Ribonuclease A B、二硫桥在稳定蛋白质构象中的作用 RNA酶肽链上的一维信息控制肽链自身折叠成特定的天然构象，并由此确定了Cys残基两两相互接近的正确位置。 二硫桥对肽链的正确折叠并不是必要的，但对稳定折叠结构作出贡献。 蛋白质的三维结构归根到底是由一级序列决定的，三维结构是多肽链上的各个单键旋转自由度受到各种限制的总结果。 这些限制包括：肽链的硬度、肽链中疏水基和亲水基的数目和位置、带正电荷和负电荷的R基的数目和位置以及溶剂和其他溶质等。 ４．蛋白质的四级结构 （1）有关四级结构的一些概念 四级结构(quarternary structure)指由相同或不同的称作亚基（subunit）的亚单位按照一定排布方式缔合而成的蛋白质结构。 亚基一般是一条多肽链，有时也称单体。本身具有球状三级结构。 原（聚）体 蛋白质 单体蛋白质 寡聚蛋白质 同多聚 杂多聚 （2）四级结构的内容 蛋白质的四级结构涉及亚基种类和数目以及各亚基或原聚体在整个分子中的空间排布，包括亚基间的接触位点（结构互补）和作用力（主要是非共价相互作用）。对称性是四级结构的重要性质(指亚基缔合)。 （3）在结构与功能上的优势： ① 增强结构的稳定性：表面积/体积 变小； ② 提高遗传经济性和效率； ③ 使催化基团汇集在一起； ④ 具有协同效应和别构效应。 别构效应指结合在多亚基蛋白质分子的特定部位(受体)上的配体对该分子的其他部位所产生的影响。分为同促效应和异促效应 如，血红蛋白的四级结构的测定由佩鲁茨1958年完成，其结构要点为： 球状蛋白，寡聚蛋白，含四个亚基 两条α链，两条β链，α2β2 α 链：141个残基； β链：146个残基 分子量65 000 含四个血红素辅基 亲水性侧链基团在分子表面，疏水性基团在分子内部 四．蛋白质分子中的共价键与次级键　 　　一级结构→二级结构→超二级结构→结构域→三级结构→亚基→四级结构 维系蛋白质分子的一级结构：肽键、二硫键 维系蛋白质分子的二级结构：氢键 维系蛋白质分子的三级结构：疏水作用力(熵增加)、氢键、范德华力（三种情况）、盐键 维系蛋白质分子的四级结构：疏水键、离子键、氢键、范得华力。（亚基缔合的驱动力主要是疏水相互作用，亚基缔合的专一性则由相互作用的表面上的极性基团之间的氢键和离子键提供） a. 盐键（离子键 ） b. 氢键 c. 疏水作用力 d. 范德华力 e. 二硫键 氢键、范德华力、疏水相互作用力、盐键，均为次级键 氢键、范德华力虽然键能小，但数量大 疏水相互作用力对维持三级结构特别重要 盐键数量小 二硫键对稳定蛋白质构象很重要，二硫键越多，蛋白质分子构象越稳定 离子键 氢键 范德华力 疏水相互作用力 D、氨肽酶法：氨肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的N-端逐个的向里水解。根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，按反应时间和氨基酸残基释放量作动力学曲线，从而知道蛋白质的N-末端残基顺序。最常用的氨肽酶是亮氨酸氨肽酶，水解以亮氨酸残基为N-末端的肽键速度最大。 E、羧肽酶法：羧肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的C-端逐个的水解。根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，从而知道蛋白质的C-末端残基顺序。目前常用的羧肽酶有四种：A,B,C和Y；A和B来自胰脏；C来自柑桔叶；Y来自面包酵母。羧肽酶A能水解除Pro,Arg和Lys以外的所有C-末端氨基酸残基；B只能水解Arg和Lys为C-末端残基的肽键。 ⑥ 多肽链断裂成多个肽段: 可采用两种或多种不同的断裂方法将多肽样品断裂成两套或多套肽段或肽碎片，并将其分离开来。多肽的选择性降解的方法有： A.酶裂解法 胰蛋白酶(trypsin) 这是最常用的蛋白水解酶，专一性强，只断裂赖氨酸或精氨酸的羧基参与形成的肽键。得到的是以Arg或Lys为C-末端残基的肽段，肽段数目等于多肽链中Arg和Lys总数加1。 为了减少胰蛋白酶的作用位点，可以通过化学修饰将其侧链基因保护起来。用马来酸酐可以保护Lys残基侧链上的ε－NH2，胰蛋白酶就不会水解Lys竣基参与形成的肽键，只能断裂Arg羧基所形成的肽键；反之，如果用1，2－环己二酮修饰Arg的胍基，则胰蛋白面只能裂解Lys羧基所形成的肽键。 如果想增加多肽链中胰蛋白酶的断裂点，可以用丫丙啶处理多肽链样品，这时Cys残基侧链被修饰成类似Lys的侧链，也具有ε－NH2。这样胰蛋白酶便能断裂Cys羧基端的肽键。 R1=Lys和Arg侧链（专一性较强，水解速度快）。R2=Pro 水解受抑。 糜蛋白酶(chymotrypi