2.2生物化学浅析.ppt

第四节 蛋白质的结构 蛋白质的分子结构包括 一级结构(primary structure) 二级结构(secondary structure) 三级结构(tertiary structure) 四级结构(quaternary structure) 一、蛋白质的一级结构（化学结构）　 指多肽链中氨基酸的组成及排列顺序（主要为肽键，包括二硫键） 二、蛋白质的空间结构（构象） 蛋白质的构象：指蛋白质分子中所有原子和基团在三维空间中的分布和肽链的走向。 蛋白质分子的构象可分为二、三、四级结构。 三维结构示意图　 研究蛋白质构象的方法 1.应用间接的X射线衍射法（技术） 2.研究溶液中蛋白质构象的光谱学法 ——核磁共振法、紫外差光谱、荧光等。 稳定蛋白质三维结构的作用力 非共价键：氢键、疏水相互作用力、范德华力、盐键 共价键：二硫键 （3）盐键：带正负电荷的侧链通过静电引力形成。 （4）范德华力：一般称原子、分子间或基团之间的短程作用力。 它随分子之间距离的增大而迅速减弱 1.二级结构(Secondary） 指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。 由肽键和α-碳原子构成的多肽链骨架称为主链，伸展在外的R基团称为侧链。 维系力：链内或链间形成的氢键。 主要有?-螺旋、?-折叠、?-转角。 （1）?-螺旋(Alpha,1950年) 0.54nm, 3.6；0.15nm 氢键(每个氨基酸残基（第n个）的羰基氧与多肽链C端方向的第4个残基（第n＋4个）的酰胺氮形成氢键。 ) 3.613 -螺旋 310 4.416 右手?-螺旋 两亲螺旋：在这类螺旋中，和螺旋的轴相平行的两个侧面的残基常有一些规律性的分布，一侧亲水残基较集中，其中有较多的带电的残基；另一侧疏水残基较多。 影响α-螺旋形成和稳定的因素 ①侧链基团大小的影响，甘氨酸由于侧链太小，构象不稳定，是α螺旋的破坏者；极大的侧链基团（存在空间位阻）； ② 连续存在带相同电荷的氨基酸残基（同种电荷的互斥效应）； ③有Pro等亚氨基酸存在（不能形成氢键） ，脯氨酸由于其亚氨基少一个氢原子，无法形成氢键，而且Cα－N键不能旋转，所以是α螺旋的破坏者，肽链中出现脯氨酸就中断α螺旋，形成一个“结节”。 ?-角蛋白 卷发(烫发)的生物化学基础 胶原蛋白（胶原）--三股螺旋 胶原蛋白类型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、·····Ⅶ。属结构糖蛋白。 每股肽链为左手螺旋，多由Gly-Pro-Y序列重复而成，含三种不常见的氨基酸（5－羟赖氨酸、4－羟脯氨酸和3－羟脯氨酸） 肌球蛋白与肌动蛋白 （2）?-折叠（1951年Pauling等） 结构特点： 肽链伸展，按层排列, 在肽链的不同区段或不同肽链间形成氢键,维持结构的稳定性。 β-折叠有两种类型 平行：所有肽链的N端处于同一端，氢键不与肽链走向垂直。如： β- 角蛋白。 ?-折叠和?-螺旋的转变 ?-螺旋? ?-折叠?完全抻展（两个氨基酸残基之间的轴心距为0.36nm.） ?-角蛋白 丝心蛋白：具有高的抗张强度、柔软、有一定的伸展度。 （3）?-转角(?- 弯曲）-turn 多肽链中氨基酸残基n的羰基上的氧与残基（n+3）的氮原上的氢之间形成氢键，肽键回折1800 。 回折部分通常由四个氨基酸残基构成 甘氨酸和脯氨酸常出现在转角中。 （4）β突起 （5）无规卷曲 没有一定规律的松散肽链结构，但仍是紧密有序的稳定结构． 超二级结构和结构域 超二级结构：是指蛋白质中相邻的二级单元（即α－螺旋、β－折叠和β－转角等）彼此相互作用，形成有规则的、在空间上能辨认的二级结构组合体。模体（Motif,超二级结构） 常见的3种基本组合形式：αα、βαβ、ββ、 模体（Motif,超二级结构） 相互邻近的几个二级结构元件形成一定的结构称为模体（Motif）。模体可能是功能单位，也可能不是。 几种常见模体: Helix－Loop－Helix Motif Beta－Hairpin Motif Greek Key Motif Beta－Alpha－Beta Motif Motif Helix－Loop－Helix Motif： E F Hand Beta－Hairpin　 　Greek Key Beta－Alpha－Beta 　Motif 片层结构则是由开放的 β－折叠交错排列，α－螺旋分布在片层的上下或同侧 结构域（Domain）：对于较大的蛋白质分子（或亚基），多肽链往往由两个或两个以上相对独立的三维实体缔合而成三级结构。这种相对独立的三维实体就称结构域。存在于一条肽链内。　 铰链区 功能域 结构域的生物学意义 相当多的结构域都具有局部而不完全的