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最大匹配问题的三链DNA计算模型 　　摘要：三螺旋结构的DNA链具有稳定性，在一定条件下易分解等特点，因此得到的三链模型具有错解率低的优点。利用三链模型来讨论最大匹配问题，拓展了DNA计算解决问题的方法和应用领域。 　　关键词：DNA计算；三链DNA；最大匹配 　　中图分类号：Q523∶TP301文献标志码：A 　　[WT]文章编号：1672-1098（2012）04-0047-03 　　作者简介：杨静（1980-），女，安徽濉溪人，讲师，在读博士，研究方向：DNA计算与组合优化。 　　DNA计算是一种以DNA与相关某些生物酶等作为最基本材料的、基于某些生化反应原理的一种新型的分子生物计算方法。DNA计算的优势是利用DNA分子具有海量的存储能力及生化反应的巨大并行性等特点进行计算。但DNA计算目前还在实验室阶段，研究的DNA计算模型还很不成熟。在已有的DNA计算模型中，大多数是应用于图与组合优化中的NP-完全问题[1-7]。建立DNA模型首先考虑的就是DNA分子结构，开发和研究新的分子结构也是目前研究的热点。目前常用的有单链的、双链的、单双链混合的、环状的、半环状的及三螺旋等结构的DNA分子结构。本文将用三链DNA计算模型解决最大匹配问题。 　　1三链DNA 　　1957年，文献[8]首次提出了三链核酸的概念，即在经典的W-C双螺旋中含有多聚嘌呤那条链，通过Hoogsteen或反Hoogsteen氢键与大沟中的第三条链结合，从而形成三螺旋结构即三链DNA。2004年，文献[9]发现寡聚脱氧核苷酸在RecA蛋白及ATP γS的存在下，与线性双螺旋DNA可形成稳定的三链结构。在形成的过程中，首先寡聚脱氧核苷酸在ATP γS的存在下与RecA蛋白结合，然后在目标双螺旋DNA上寻找同源序列，这一过程非常迅速并且不打开DNA双链。同源的双链找到后，寡聚脱氧核苷酸在RecA蛋白的介导下与目标双螺旋DNA形成三链DNA。经证实由RecA蛋白介导形成的三链DNA是相当稳定的[10]。 　　利用三链模型解决最大匹配问题，需要用到下面几种分子操作：①连接。将编码好的DNA链通过连接酶连接成一条DNA链；②复制。将DNA链利用PCR扩增技术进行复制；③内切。利用内切酶在指定位置进行切割；④提取测序。对凝胶电泳中得到的最长的DNA链进行提取测序，已得到所求解。这里所需要的生物操作技术都已经十分成熟，在生物实验上是可行的。 　　2最大匹配问题 　　2.1问题描述 　　给定无向图G=（V，E），对边集E的任一子集ME，如果M中任意两条边在G中都没有公共端点，则称M是G的一个匹配。一般地，G的匹配不是惟一的。若G中没有另外的|M′|≥|M|，则称M为G的最大匹配。如果M是G的最佳匹配，显然M是G的最大匹配；反过来不成立。但是G的最佳匹配也有可能不是惟一的（见图2），M1={e2，e3，e7}、M2={e2，e6，e7}、M3={e1，e4，e7}和M4={e1，e6，e7}为该图的最大匹配，并且均是最佳匹配。 　　2.2DNA算法 　　步骤1：将图G的顶点和边进行编码，将所有边的编码两端加上限制性内切酶，然后把边所对应的寡聚核苷酸片段与连接酶一起加入缓冲液，在特定温度下使其连接成一条长链，根据W-C配对原则，在形成稳定的双链，把此时得到的结果进行提取、纯化、PCR扩增放在一试管中，作为最初的数据池T0。 　　步骤2：将T0分为两个试管T1、T2。选取图G的一条边e1（一般从e1开始），检查与e1相关联的边。将边e1、e2的补链分别制作成探针P1、P2。利用P1将含有边e1的链分离出来，切掉e1从新连接起来，这时得到的T1试管不含有e1。同理利用P2得到不含有边e2的试管T2。这时将得到的新的试管T1、T2再混合一起作为试管T0。 　　步骤3：检查是否有两边关于顶点关联，若有重复步骤1，直到任两边都没有顶点关联。这样得到的试管中就含有需要的解。 　　步骤4：利用凝胶电泳技术测出最长的DNA片段（可能不止一条）读出其解，既是所求的最大匹配。 　　2.3DNA编码 　　步骤1：将图G的顶点和边进行编码，顶点用含20个碱基对的DNA片段表示。边的编码可用20个碱基对的DNA片段表示，将所有边的编码两端加上限制性内切酶，然后把边所对应的寡聚核苷酸片段与连接酶一起加入缓冲液，在特定温度下使其连接成一条长链。加入聚合酶、引物，利用Watson-Crick互补原则，在3′端不断地扩增DNA分子，从而使所有单链DNA链都以双链的形式存在，以增加DNA链的稳定性。在反应后的产物中加入底物DNA分子，适量的引物（图G的顶点所对应的寡聚核苷酸片段的补链），DNA聚合酶及缓冲液进行PCR-扩增，对这些产物进行纯化，然后对于纯化后的产物进