第六讲MSA中文课件.pptVIP

两种多序列比对的程序 Text-based or query-based searches: CDD, Pfam (profile HMMs), PROSITE [2] 还可以用手动方式对输入的一组蛋白质或核酸序列产生 多重比对。 Muscle, ClustalW, ClustalX [1] 多序列比对数据库，可以用文本或者任意序列进行搜索 Page 329 BLOCKS CDD Pfam SMART DOMO (Gapped MSA) INTERPRO iProClass MetaFAM PRINTS PRODOM (PSI-BLAST) PROSITE 多序列比对数据库 These Use HMMs Pfam是综合的蛋白质家族数据库之一，可以用文本（关键字， 蛋白质名等）或序列数据进行搜索。 Pfam由两个数据库组成。Pfam-A是手工编辑、多重比对形式的 蛋白质家族集合。对于每一个家族，Pfam提供了4种特征：注释、 种子比对、profile HMM、完全比对。完全比对可能很大，Pfam前 20个家族的完全比对都含有超过2500个序列。种子比对含有较少 数量的代表序列。除了由专家手工编辑的Pfam-A外，Pfam-B是从 ProDom数据库自动产生的。Pfam-B的数据质量、注释的完全程度 都不如Pfam-A，但是Pfam-B可以作为一个有用的补充。 Pfam：基于profile HMM的蛋白质家族数据库 PFAM (protein family) database: http://pfam.sanger.ac.uk/ Fig. 10.11 Page 331 PFAM (protein family) text search result Fig. 10.12 Page 334 PFAM GCG MSF format Fig. 10.13 Page 335 Pfam (protein family) database PFAM JalView viewer Fig. 10.14 Page 336 PFAM JalView viewer Fig. 10.15 Page 336 PFAM JalView viewer: principal components analysis (PCA) Fig. 10.16 Page 337 Fig. 10.17 Page 337 SMART SMART: 简单分子构架研究工具（the simple molecular architecture research tool） http://smart.embl-heidelberg.de/ * * * * 第六章 多序列比对 主要内容 多序列比对的定义 ? 介绍多序列比对数据库 ? 介绍如何手动方式输入一组蛋白或核酸序列进行多重比对 Page 319 多序列比对的目的和定义 ? 多序列比对的目的；通过序列的相似性检索得到许多相关的 相似序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在序 列结构上的异同，以回答相关的生物学问题。 ?多序列比对就是将2条以上可能有系统进化关系的序列进行 比对。 ?一个多重比对就是一组可以部分或整体对齐的蛋白质或核酸 序列（3个或以上）。相同或相似的氨基酸残基排在同一列上， 这些对齐的残基在进化意义上是同源的：来自共同的祖先。在 三维结构中，对齐的残基也倾向于占据对应的位置。 Page 320 多序列比对的特点 ? 通常情况下，序列比结构具有更快的进化速度。RBP4 和beta-乳球蛋白之间的序列相似性只有26%，而结构却几乎 一样。 ? 在产生多序列比对时，我们几乎不可能找到所有应该对齐的 氨基酸。 Page 320 可以根据下面特征来确定是否对齐某些氨基酸 残基 ? 一些高度保守的残基（如参与形成二硫键的半胱氨酸） 形成保守膜体（motif），如跨膜结构域和免疫蛋白结构域 蛋白质二级结构的保守特征，如参与形成alpha螺旋、beta 片层和可变区的残基。 显示出一致插入或缺失模式的区域。 Page 320 多序列比对的典型应用 ? 大多数蛋白质家族中有远源的成员，与两两比对相比， 多序列比对能够更敏感地发现同源关系。 在检查某次数据库搜索结果时（如BLAST），多重比对形式 的结果能更容易显示保守残基和模体。 构建系统进化树的一个最关键的步骤就是多序列比对。 当一个物种的基因组被完整测序，数据分析的一个主要部分是 注释所有基因产物所归属的蛋白家族。数据库搜索进行高效的 多重比对，将每一个新蛋白(或基因)与其它所有家族的蛋白质 进行比较 很多基因的调节