曙光集群用户使用手册.docVIP

登录和文件传输 登录方式为ssh，与telnet功能类似，推荐的登录工具为putty或者Secure Shell （/html/download/ser35112.html，绿色版无需安装） 在地址栏输入本集群的登录地址(node)，点击“打开”，就会出现登录窗口，输入用户名、密码即可。 文件传输为sftp，与传统ftp类似，但其协议更安全可靠，推荐工具为filezilla。 （/p/filezilla/download?filename=FileZilla_3.3.2_win32.zip，绿色版无需安装） 输入登录地址，输入用户名和密码，端口填22（本软件支持ftp，端口为21），点击快速连接，即可使用，操作办法与常用ftp工具类似。 根据提示输入新的vnc密码。此密码与用户登录密码无关，将在登录vnc时需要。 此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。 运行vncclient，输入登录服务器地址和端口号，点确定，输入前面设置的密码，即进入了图形窗口。 注意： 在第一次启动了vncserver之后，vnc的连接一直可用，全部图形窗口保持在Linux服务器上。因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。 如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh -X node2。 作业 Fluent 图形方式运行 首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行： 此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示： node1 node1 node1 node1 node2 node2 node2 node2 -t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。 在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算 (和在windows下操作单机版Fluent相同，略)： 注：通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与服务器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。 命令行方式运行 建立script1文件： script1内容如下： （注：其中fl5m1.cas为cas文件名，根据实际进行修改；solve/iterate 25 表示迭代25步，也可根据需要修改步数。） 用命令行进行fluent计算： 此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示： node1 node1 node1 node1 node2 node2 node2 node2 -t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。 作业调度方式运行 注：PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交 1．编译脚本script1，内容如下（与上面脚本运行方式相同）： file/rcd fl5m1.cas.gz solve/iterate 25 /file/wcd fl5m1_final.dat parallel/timer/usage exit yes 2．编辑pbs脚本fluent.pbs，内容如下： #!/bin/bash #PBS -N job1-8cpu #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -j oe INPUTFILE=script1 OUTPUTFILE=script1.log cd $PBS_O_WORKDIR # # pib.dapl indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using # 8 processors # NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` date fluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT $OUTPUT date exit 0 提交作业：qsub fluent.pbs 用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。 注：红色字体部分需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的内容。 获取计算结果 1．如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。 2．如果用命令行的方式运行fluent， dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的内容决定（例如“file/wcd fl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat），用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进