NMR structure calculation BioNMR Lab @ USTC NMR结构计算生物核磁共振实验室”中.pptVIP

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2017-03-08 发布于上海
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NMR structure calculation BioNMR Lab @ USTC NMR结构计算生物核磁共振实验室”中

结构计算结果 PDB 1Z7P(ensemble), 1Z7R(mean) /pdb * * 结构计算结果约束统计 NOE：4845 二面角：160 氢键：47 手性：287 违约状况距离无0.2? 二面角无 * 结构评价 Most favored regions (%) 88.8 Additionally allowed regions (%) 10.7 Generously allowed regions (%) 0.5 Disallowed regions (%) 0.0 RMSD All residues Regular secondary structure Backbone heavy atoms 0.88 0.32 All heavy atoms 1.13 0.68 * 使用的软件 NMRPipe 数据处理/bax/software/NMRPipe/ NMRView 指认分析/nmrview/ CYANA结构计算 500 Euro http://www.las.jp/prod/cyana/eg/ TALOS基于化学位移预测主链二面角 (NMRPipe的一部分) /NMRPipe/talos/ SANE基于结构的NOE自动指认J Biomol NMR, 2001 19(4) 321-9 Amber 分子动力学模拟。用于结构优化 $400 / PROCHECK-NMR 结构分析与评价http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck_nmr/procheck_nmr.html MOLMOL 结构分析与绘图http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/ * 其他软件数据处理 Felix $???? /products/felix/index.html AZARA Free http://www.bio.cam.ac.uk/azara/ PROSA (Free?) http://guentert.gsc.riken.go.jp/Software/Prosa.html 指认分析 Felix $???? /products/felix/index.html XEASY $ 200 http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/xeasy/index.html Sparky Free /home/sparky/ CARA Free http://www.nmr.ch 结构计算 CNS Free / XPLOR Free /xplor/ XPLOR-NIH Free /xplor-nih/ 分子绘图 PyMol Free / MolScript Free http://www.avatar.se/molscript/ RasMol Free / VMD Free /Research/vmd/ * * * * * * What do these mean? * * * * 6F1和1F2是什么意思？ * * NMR data 3: J couplings N Ca H H f N HN Ha q = f-60o b a,310 3J(HN,Ha) * * ? ? ? ? 6 Hz Dihedral angles from scalar couplings Must accommodate multiple solutions? multiple J values But database shows few occupy higher energy conformations Dihedral angle potential Convert J data into allowed dihedral angles and introduce a restraining potential to maintain the allowed angles Directly restrain against J-couplings V=kj (Jobs-Jcalc)2 * * Requires medium to partially align molecules Must accommodate multiple solutions? multiple orientations 1H 15N 1H 15N Ho F1 F2 F3 1H 13C 1H 1H Reports angle of inter-nuclear vector relative to magnetic field Ho Orientational c