几种全长cDNA文库构建方法比较.pdfVIP

遗 传 HEREDITAS(Beijing)28(7)：865～873，2006 技 术 与 方 法 几种全长 cDNA文库构建方法比较 毛新国，景蕊莲，孔秀英，赵光耀，贾继增 (中国农业科学院作物科学研究所，农作物基因资源与基因改良国家 重大科学工程，农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室，北京 100081) 摘 要：全长 cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径，尤其是对基因组庞大、近期内尚不能 进行全基因组测序的生物来说，是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长 cDNA文库的构建方法 进行了概述，对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较，并结合实验室的结果，重点介绍了 Cap-trapper法在小麦 全长 cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。 关键词：全长 cDNA文库；Cap-trapper法；Capture法；Oligo—capping法；Cap—jumping法；SMART法 中图分类号：Q75 文献标识码：A 文章编号：0253—9772(2006)07—0865—09 Comparison of Methods to Construct a Ful1．Length CDNA Library MAC X Jn—Guo，JlNG Rui—Lian，KONG X Ju-Ying，ZHAO Guang-Yao，JIA Ji-Zeng (Natiot~l KeyFocilityfor Crop Gene Resources end Genetic Improvement·Key LaboratoryofCrop Germplasm Biotect~ology／the Ministry of Agriculture，Institute of Crop Sciences．Chinese Academy of AgricuItural Sciences，Beijing 1 0008 1，Cnine) Abstract：The use of ful—length cDNA libraries is an efective tool to obtain complete gene information in a high—efi— ciency，high-throughput manner，especialy in organisms with huge genomes that are not amenable to whole genome sequencing．In this review，we outlined several methods of ful—length cDNA library construction and compared their ad— vantages and disadvantages based on their respective principles．Drawing on our own experience，we described the Cap-trapper method in de tail，with an emphasis on its application in wheat full—length cDNA library construction as wel as the de termination of the ratio of ful—length cDNA in a library． Key words：Ful—length cDNA library；Cap—trapper method；Capture method；Oligo-capping method；Cap—jumping method ；SMART method 测序技术的不断完善和计算机技术的快速发 展，使得一大批模式生物和人类基因组全序列测定 得以提前完成，也随之产生了大量核酸序列数据信 息，使从基因组水平了解生物的生长、发育、分化以 及各种生理和病理过程成为可能。由于生物基因组 的复杂性，不同生物基因组在结构、组成以及大小上 的多样性 ，以及人们对基因转录及转录后的拼接、加 工、修饰方式的机制缺乏深入了解，所以完全依靠生 物信息学的方法来预测基因及其功能尚存在一定困 难。此外，采用生物信息学的方法预测基因的功能 经常会出现错误[1]。一般来讲，基因预测软件对外 显子边界预测的准确率约为 80％，如果一个基因含 有5个外显子，那么基因预测的准确率仅有 33％， 且外显子的数量越多，准确率也就越低。就 目前的 收稿日期：2005—07—05；修回日期：2005—08—16 基金项目：国家重点基础研究发展