数量性状基因图谱构建方法的比较.pdfVIP

j，t7，．)； ， 7一，{ 第 3卷 第 2期 l997年 3月 ， ) ’， ＼ 作 物 学 报 ACTA AGR0NOM ICA SINICA Vo1．23，NO．2 Mar ．1997 数量性状基因图谱构建方法的比较 院数 江苏 225009 溯 ， ——一 -——一 ，， 7 (扬州大学农学 量遗传研究室， 扬州 ) 。 ‘， A ． 提 要 应用方差分析法(ANOVA)、区问作图法(IM)和复台区问作图法(CIM)·分析玉米组合 Ki3XCML[39的F：群体有关玉米螟抗性、株高和穗位高的数量性状基因(QTL)图谱 结果表明：(1) 在同一显著水平下(n—O．0032)，ANOVA共发现 25个 QTL-而 IM 为 21个，CIM 为 23个 说明 ANOVA虽然难以精确标定QTL的位置，但其发现能力仍可能是最高的。(2)在总共发现的30个 QTL中，3种方法都发现的有 15个，两种方法共同发现的有 9个，仅由一种方法发现的有 6个，说明 3种方法的同一性仍是主要的。值得注意的是CIM法单独发现的QTL达4个之多，但其可重复性尚 待验证。(3)3种方法估计的QTL的平均加性效应五和显性敷应 均元显著差异，而且方法间变异大 多小于方法内变异 (4)建议以几种方法构建QTL图谱，并优先标定共同发现的QTL；QTL的效应可 以 位和操作建立了基础 。构建数量性状基因图谱，就是通过分析标记和数量性状表型值 的关系，将QTL逐一定位到染色体的相应位置，并估计其遗传效应 ” 本文应用3种有代 表性的构图方法，分析由国际玉米小麦改良中 I~,(CIMMYT)提供的玉米组合 Ki3×CML 139 的F 资料，比较其结果的异同，以期为构图方法的应用提供参考依据。 1 代表性构图方法 1．1 方差分析法(analysis of variance，ANOVA) 这是以传统的单因素方差分析测验被研 究数量性状在标记基因型间的差异显著性 ] 以纯系A×B的 世代为例，任一标记位点x 都只有A／A(等位 DNA均来自A)、A／B(等位DNA一来自A，一来 自B)和B／B(等位 DNA 均来自B)3种标记基因型，可分别以变量 l，0和～1表示。ANOVA就是分析每一 x具 1、 0、一1标记的个体的数量性状平均数的差异，其测验统计量是 F： F— MS口／MS (1) (1)中的MS 和 MS 分别为x位点的标记基因型问和标记基因型内数量性状的均方。当F 显著时，表明可能存在一个与x连锁的QTL，并进一步估计该QTL的加性效应n和显性效 应 d为； n= (j 一 一 )／2 d： Yo一 ( l+ Y 1)／z (2) · 国家自；I!}科学基金目资助 收藕日期：1996 02—27，收到修改稿日期：1996 09—29 作 物 学 报 23卷 (2)中的Y 、_v。、 分别为 位点上具 1、0、一l标记的个体的数量性状平均数。 ANOVA已长期应用．其统计基础是健全的 主要问题在于检测到的QTL(F显著)通常 不会正好在标记位点 上，这就导致对该 QTL的位置和效应的估计偏差。 1．2 区间作图法(interval mapping，IM) 这是以正态混合分布的极大似然函数和简单回 归模型分析任何两个相邻标记位点 和 一及其间任一位点 0上存在被研究QTI 的可能 性．为 Lander和 Botstein最先提出L8一。0点并无标记，但由 和 ．_．可以预期 0点上标记基 因型 1、0、一1的概率分布，因而任一0点上有着一个QTI (HA为真)的极大似然函数工和不 存在QTL(H。为真)的极大似然函数工．都可应用最先由Dempster等提出的EM 算法 给出。 其测验统计量是 LOD： LOD — lg(OR) (3) OR—L(HA为真)／L(H。为真) (4) 以上OR(odds ratio)称机会率，即0点上有一个 QTL的机会对没有连锁 QTL的机会之比； LOD则是OR的以 10为底的对数。LOD的临界值一般在 2～3之间 J，即有QTL的似然值 相当于没有QTL的似然值的 100～1000倍。当以染色体的遗传距离为横坐标，LOD值为纵 坐标作图时，QTL的存在与否可以形象地观察：一个显著的峰对应着一个可能QTI 的位置， 从而对该QTL的效应又可以作出更精确的估计 IM法已广泛应用于人类遗传研究，并被认为是构建 QTL图谱的标准统计方法 。但在 实践中发现，该法定位的 QTL的区问往往太阔，而一个性状在同一染色体上有两个或两个 以上QTL时又常常会标错QTL的位置 。 - 1．3 复台区闻作图法(composite interval mapping，CIM) 这是IM 法在新