蛋白质相互作用网络分析的图聚类方法研究进展_李敏.pdf

计算机工程与科学 年第 卷第 期 　ＣＮ４３－１２５８／ＴＰ 　　　　 ２０１２ ３４ １ 　 　ＩＳＳＮ　１００７－１３０Ｘ ＣＯＭＰＵＴＥＲ　ＥＮＧＩＮＥＥＲＩＮＧ　＆ ＳＣＩＥＮＣＥ 　Ｖｏｌ．３４，Ｎｏ．１，２０１２　 文章编号 ：１００７－１３０Ｘ（２０１２）０１－０１２４－１３ 蛋白质相互作用网络分析的图聚类方法研究进展＊ Ｐｒｏｇｒｅｓｓ　ｏｎ　Ｇｒａｐｈ－Ｂａｓｅｄ　Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ　Ｎｅｔｗｏｒｋｓ 李 敏１ 武学鸿１ 王建新１ 潘 毅１，２ 　 ， ， ， 　 ， ＬＩ　Ｍｉｎ１，ＷＵ　Ｘｕｅ－ｈｏｎｇ１，ＷＡＮＧ　Ｊｉａｎ－ｘｉｎ１，ＰＡＮ　Ｙｉ　１２ （１．中南大学信息科学与工程学院，湖南 长沙 ４１００８３； 佐治亚州立大学计算机系 佐治亚州 亚特兰大 美国 ２． ， ３０３０２－３９９４， ） （１．Ｓｃｈｏｏｌ　ｏｆ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｃｅｎｔｒａｌ　Ｓｏｕｔｈ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ　４１００８３，Ｃｈｉｎａ； ２．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ　ｏｆ　Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｇｅｏｒｇｉａ　Ｓｔａｔｅ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ａｔｌａｎｔａ，Ｇｅｏｒｇｉａ　３０３０２－３９９４，ＵＳＡ） 摘 要 随着可获得的大规模蛋白质相互作用数据的迅速增长 从系统水平上对细胞机制的基本组件 　 ： ， 和结构的理解成为了一种可能。如今所面临的最大挑战是如何通过分析此类复杂的相互作用数据来反映 细胞组织、进程以及功能的规律。基于图理论的聚类方法是分析蛋白质相互作用数据的有效手段。本文 将从蛋白质相互作用网络（ＰＰＩ网络）的图模型、聚类算法、评估方法及应用几个方面描述 ＰＰＩ网络聚类分 析的最新研究进展。最后，讨论该方向研究所面临的挑战及进一步的研究方向。 Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｉｎｃｒｅａｓｅ　ｏｆ　ｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ　ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ　ｄａｔａ　ａｖａｉｌａｂｌｅ，ｉｔ　ｈａｓ　ｂｅｅｎ　ｐｏｓ－ ｓｉｂｌｅ　ｔｏ　ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ　ｔｈｅ　ｂａｓｉｃ　ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ　ａｎｄ　ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｅｌｌ　ｍｅｃｈａｎｉｓｍ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｓｙｓｔｅｍ　ｌｅｖｅｌ． Ｔｈｅ　ｃｈａｌｌｅｎｇｅ　ｉｓ　ｈｏｗ　ｔｏ　ａｎａｌｙｚｅ　ｓｕｃｈ　ｃｏｍｐｌｅｘ　ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ　ｄａｔａ　ｔｏ　ｒｅｖｅａｌ　ｔｈｅ　ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ　ｏｆ　ｃｅｌｌｕｌａｒ　ｏｒｇａｎｉ－ ｚａｔｉｏｎ，ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ　ａｎｄ　ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ｍａｎｙ　ｓｔｕｄｉｅｓ　ｈａｖｅ　ｓｈｏｗｎ　ｔｈａｔ　ｕｓｉｎｇ　ｇｒａｐｈ－ｂａｓｅｄ　ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ　ｍ