第13讲 蛋白质组分析.ppt

第十三讲 蛋白质组数据分析2016-05-20;本章内容;;;Why proteomics？;;Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function.; 从整体的角度,分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域 ;;;;Biology/Disease-driven HPP ;蛋白质组学研究范畴;蛋白质组学应用举例;;;寻找差异蛋白质;;;;蛋白质组学比基因组学研究复杂;;Basic technologies of Proteomics;;;生物信息学在蛋白质组学中的应用;;;; ;; 样品制备（Sample preparation） 固相预制胶条的水化（IPG strip rehydration） 第一向等电聚焦（IEF） 胶条的平衡（IPG strip equilibration） 第二向SDS电泳（SDSelectrophresis） 凝胶的染色及检测（Detection/Staining） PDQuest软件分析（Software analysis） 质谱鉴定（Protein identification） ;;样品制备 ;;;等电聚焦电泳原理;固相凝胶 (支持膜上0.5 mm 厚凝胶);平衡过程;;2-DE/MS蛋白质组学经典工作流程;Protein Detection Methods;Coomassie? Blue-考马斯亮蓝染色; 胶体考马斯亮蓝染色;银染;Silver stained gel of E. coli Lysate ;;凝胶的图像处理分析;2-DE/MS蛋白质组学经典工作流程;;Version 1A;2-DE的局限性;SWISS一2DPAGE数据库是由日内瓦大学附属医院临床化学中心实验室与瑞士生物信息协会合作创办的人类维凝胶蛋白数据库 为在2D凝胶上预测蛋白质迁移提供了许多标化的凝胶图象和工具 比较已知细胞类型或组织的凝胶和SWISS一2DPAGE的图象即可以帮助识别关键标志物;;SWISS-2DPAGE statistics ;Master;HUMAN;;;;;;;;2生物质谱技术; 数据及供电系统 ┏━━━━┳━━━━━╋━━━━━━┓ 进样系统 离子源 质量分析器 检测接收器 ┗━━━━━╋━━━━━━┛ 真空系统 ;离子源;对离子源的贡献—软电离方式;诺贝尔奖的提示;ESI电离机制;电喷雾电离产生多电荷离子;多电荷离子的有关计算;肌红蛋白电喷雾质谱图 带10~30个电荷的系列分子离子;基质辅助激光解吸??离技术(Matrix-assisted laser desorption/ionization， MALDI);关于基质： 极性化合物 溶解样品 芳环 吸收激光 易结晶 均匀分散样品分子 MALDI常用基质;质量分析器 Mass analysis;两组四极杆分别加上 +(u+Vcon?t) 和 –(u+Vcon?t)， 其中u直流电压部分，Vcon?t为射频电压部分 ? = 2?f, f为频率。;;飞行时间质量分析器(Time Of Flight Mass Analyser, TOF);质谱鉴定蛋白的一般方法;现行的PMF软件工具;以相关的质谱实验数据从序列数据库中进行发掘的蛋白质;质谱数据输入框;MOWSE score: MOlecular Weight Search, Scoring based on peptide frequency distribution from the OWL non redundant Database %cov: total aa coverage %tic: fragments coverage;;3蛋白质相互作用分析（protein–protein i