《药物设计学》读书报告 - 复旦大学精品课程.docVIP

-  PAGE 11 - 《药物设计学》读书报告 ——Discovery of Novel Nitrobenzothiazole Inhibitors for M.tuberculosis ATP Phosphoribosyl Transferase (HisG) through Virtual Screening 读书报告 院 系： 生命科学院 专 业： 生物技术 姓 名： 周纯学 学 号： 0556016 指导教师： 叶德泳 老师 2009年1月 2日 《药物设计学》读书报告 ——Discovery of Novel Nitrobenzothiazole Inhibitors for M.tuberculosis ATP Phosphoribosyl Transferase (HisG) through Virtual Screening读书报告 在全世界范围内每年有超过2,000,000的人因肺结核而死亡， 全球有1/3的人口受到了潜在的感染；其中结核分枝杆菌(M.tuberculosis)是引起结核病的主要病原菌。由于目前治疗肺结核花费的时间很长，而且结核分枝杆菌抗药性菌株越来越多，所以我们还需要寻找新的更加多样性的治疗肺结核的药物。 一 这篇文章的作者主要针对HisG蛋白靶标进行了虚拟筛选，然后对筛选得到的化合物进行体外活性测定，并根据有活性的化合物的结构特点，找到了一个很有意思的结构片段--硝基苯并噻唑（nitrobenzothiazole，以下简称为NBT）；根据化学结构相似性搜索作者又找到了一批新的化合物，并对它们也进行了虚拟筛选，最终在这些含有NBT片段结构的化合物中找到了4个有活性的化合物。最后作者又测定了这些化合物在whole-cell实验中的杀菌活性。下面我根据自己的理解总结一下作者每个部分的工作。 第一部分，作者主要是介绍了HisG蛋白的作用及其结构特点，以及为什么选它作为筛选的靶标蛋白。已知HisG是ATP依赖性的磷酸核糖基转移酶（ATP-PRTase：ATP-phosphoribosyl transferase），它是组氨酸生物合成通路的第一步反应的催化剂，并且在嘌呤的生物合成过程中也起到了重要的作用。HisG可以催化ATP和磷酸核糖焦磷酸盐（以下简称为PRPP：phosphoribosyl pyrophosphate）的反应，产生磷酸核糖化的ATP（以下简称为PR-ATP：phosphoribosyl ATP）和无机化合物焦磷酸盐。 现在包括结核分支杆菌等多个物种的HisG蛋白的晶体结构都已经被解析出来。从结构上看，结核分支杆菌的HisG蛋白的分子结构显著不同于其它的磷酸核糖基转移酶家族成员，因此被归结为一种新的独特的IV型磷酸核糖基转移酶。HisG蛋白有两种存在形式，一种是“短”的形式，大约由200个氨基酸组成，可以与HisZ蛋白形成异八聚体；另一种是“长”的形式，大约由300个氨基酸组成，可以与自身形成同六聚体。结核分支杆菌的HisG蛋白属于后者，它包含有三个结构域，两个N端催化结构域，它们形成了一个开口很大的暴露于溶剂的活性位点，还有一个C端调节结构域。其活性位点是由第I结构域和第II结构域（两个N端催化结构域）的氨基酸残基组成，包含有ATP和PRPP假想的结合位点。与ATP结合的保守的氨基酸主要位于第I结构域；在第II结构域包含有一个与PRPP结合的序列，由13个氨基酸组成（149-161），位于活性位点的另一面。结核分支杆菌的HisG蛋白C端结构域，即第III结构域，可以与组氨酸结合，结合位点大约距活性位点40A左右；组氨酸的结合能够导致HisG蛋白结构域之间的旋转，从而导致了六聚体复合物的构象发生改变，最终下调HisG的催化活性。 虽然到目前为止，还没有任何关于HisG蛋白敲除试验的报道，但是在组氨酸生物合成通路上的其它酶的删除突变体已经被构建。Parish等人已经证明了敲除HisDC的动物对于组氨酸是营养缺陷型的，揭示了这条通路和HisDC中间体的重要性。并且，体外的转位子插入试验也证明了HisG蛋白对于细菌生长的重要性。另一方面，由于HisG蛋白在代谢方面的重要作用，而且该蛋白仅存在于原核生物和低级的真核生物中，在人体中并不存在，这样就不用担心其抑制剂会对人体有副作用。所以作者设想把它作为治疗肺结核的潜在靶标。 第二部分，虚拟筛选。本文作者是通过一个多阶段的虚拟筛选技术来寻找HisG蛋白的抑制剂的。我把他的工作总结为两个数据库，两种对接程序。两个数据库是指ChemBidge数据库和NCI数据库，它们都是公开的化学数据库，这两个数据库包含有超过500,000个化合物；两种对接程序是指GOLD和FlexX。 具体的筛选流程大概是这样的：首先，为了