第三章微生物生态学基本方法素材.pptx

第三章：微生物生态学的基本研究方法;参考书;2015/12/1;专业期刊;你们能够想到什么方法开展微生物生态学的研究？;1、经典技术和方法 直接观察测定 培养研究 2、生理生化方法 3、分子生物学方法 4、稳定同位素方法;1、经典技术和方法——直接观察测定 利用显微镜对样品中的微生物直接观察 计算数目，测定丝状微生物长度（普通染色、荧光染色） 优点：直接观察天然样品中微生物的形态和微生物所处的位置 缺点：样品量少，代表性差;Hep G2 Cells Stained Using the LIVE/DEAD? Cell Imaging Kit, showing green-fluorescent live cells and red-fluorescent dead?cells.;2015/12/1;Archaea in the picture in red, sulfate reducing Bacteria in green. Credit: Annelie Pernthaler/UFZ ;1、经典技术和方法——培养研究 对采集的样品进行稀释、培养 辨认培养物的种类;2015/12/1;（1）基内菌丝与培养基结合紧密，不易挑起； （2）菌落边缘有辐射的菌丝，称为辐射状菌丝； （3）生长后期表面形成紧密的绒毛状或坚实、干燥、不透明、多皱的表面，上面常有一层色彩鲜艳的干粉； （4）可形成絮状或颗粒状的典型菌落，菌落的正反面颜色往往不一致，菌落边缘培养基的平面有变形现象； （5）有特殊气味（土霉气味）等。;2015/12/1;2015/12/1;细菌菌落;1、经典技术和方法——培养研究 优点：能对活的微生物进行计数，并能区分真菌、放线菌和细菌 缺点：可培养率很低1%; 单菌落是否由一个细菌繁殖而来；丝状微生物菌落究竟是由孢子而来还是由菌丝而来难以区分;经典的观察和培养方法能够在一定程度上告诉我们样品中微生物的数量、可培养微生物的数量及类型。 但这些结果不能告诉我们微生物在样品中能干什么？;包括用于微生物生物量测定的氯仿熏蒸方法、底物诱导呼吸法和光合微生物色素法等； 用于测定土壤C矿化速率和微生物呼吸强度等方法； 用于测定土壤中物质转化的生物活性和酶活性的分析方法； 测定微生物能量代谢的分析方法等;代谢活力研究：放射性/稳定同位素标记记某种代谢物，测定代谢活力 C14， C13， H3， N15 酶活性测定 ATP含量测定：ATP仅存在于活的细胞中，且在细胞中的含量基本一致 ;代谢活力研究 叶绿素含量测定：估计藻类和光合细菌的生物量和代谢活力 土壤呼吸速率测定：间接估计土壤中的生物量，不适于仅有厌氧呼吸或发酵的微生物测定 ;代谢活力研究 优点：能确定样品中微生物能做什么； 缺点：无法说明样品究竟是哪些微生物在起作用，样品存在哪些微生物种类和微生物在自然样品中的分布情况;Biolog微平板法 PLFA图谱分析;Biolog 微生物自动分析系统是美国Biolog 公司从1989 年开始推出的一套微生物鉴定系统，最早进入商品化应用的是G-好氧细菌鉴定数据库(GN) ,其后陆续推出G+好氧细菌( GP) 、酵母菌( YT) 、厌氧细菌(AN) 和丝状真菌(FF) 鉴定数据库。 Biolog 系统6101 版数据库共包括1973 种微生物，其中细菌234 个属，1 226 个种，与其他鉴定系统相比，其微生物种类的数据量较大，适合于环境、食品、工业、临床和动植物病原菌的鉴定分析。;Biolog 自动微生物分析系统主要根据细菌对糖、醇、酸、酯、胺和大分子聚合物等95 种碳源的利用情况进行鉴定。 细菌利用碳源进行呼吸时,会将四唑类氧化还原染色剂( TV) 从无色还原成紫色，从而在鉴定微平板上形成该菌株特征性的反应模式或“指纹图谱”。 通过纤维光学读取设备——读数仪来读取颜色变化,由计算机通过概率最大模拟法将该反应模式或“指纹图谱”与数据库相比较，将目标菌株与数据库相关菌株的特征数据进行比对，获得最大限度的匹配,可以在瞬间得到鉴定结果，确定所分析的菌株的属名或种名。 ;BIOLOG ECO微平板 含3组相同的碳源，根据平均颜色变化情况，计算微生物群落的多样性指数、代谢特征的变化等。;2015/12/1;四氯唑染料;培养时间 (h);赵锐等，2010;赵锐等，2010;赵锐等，2010;磷脂类化合物只存在于细胞膜中，不同微生物其磷脂脂肪酸组成和含量都不相同。 一旦生物细胞死亡，其中的磷脂化合物马上降解。因此该方法十分适合于微生物群落的动态监测。;细胞膜磷脂双分子层;毛细管柱;Typical GC-FID signal of extracted PLFAs under (a) landfill gas ddition (W+LG) a