基因组序列分.pptVIP

Pairwise alignment * 二、质粒绘图 * Plasmid drawing with BioEdit BioEdit提供简单质粒绘图的工具，以及快速简易注释。 使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。 * * 一个合格质粒的组成要素 复制起始位点Ori，即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。 抗生素抗性基因：可以便于加以检测，如Amp+ ，Kan+ 多?克隆位点：MCS克隆携带外源基因片段 P/E：启动子/增强子 Terms：终止信号 加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA作用 * 如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标 （1）Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2）tetr ：可以阻止四环素进入细胞。 （3）camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4）neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡 那霉素衍生物）失活。 （5）hygr：使潮霉素β失活。 第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点，便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。 第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。 第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。 * 三、进化树 * Molecular Phylogenetic Tree 定义：在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系，这种树状分支图形叫系统发育树。 分类：有根树（rooted tree）、无根树（unrooted tree）。有根树反映树上物种或基因的时间顺序，而无根树反映分类单元之间的距离不涉及谁是谁的祖先的问题。 * DNA序列研究进化关系的两大步骤 1、给据研究对象与目的选择合适的基因或DNA 区域，目标DNA测序。 　　近缘物种：选进化速率较快的区。mtDNA. 远源物种：选进化速率较慢的区。rRNA. 如果选择不合适的分子标记，往往会得出错误的结论 2、DNA同源比对，采取一定的系统重建与方 法，确定进化树。 * 建树步骤 对物种序列进行系统发育分析的四个主要的步骤： 1、比对 2、建立取代模型 3、建立进化树 4、进化树的评估 距离矩阵（distancematrix）：是在计算得到的距离数据的基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型。进化树的重建质量依赖于距离估算的准确性。 * 建树的方法及甄选 系统发育分析的建树方法都需要设定一个进化模型。树的标准在一定程度上依赖比对和取代模型。 重建系统树的方法有很多，不同的方法在不同的情况下应用所得的结果存在差异。因此，了解各种方法的优缺点并根据自己科研的需要选择合适的建树方法很重要。 * 目前建树的主要方法 邻接法（neighbor-joining method，NJ）：是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，他不检查所有的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。计算机模拟表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。 优点：重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得到一棵树。 缺点：将序列上的所有点同等对待，且所分析序列的进化距离不能太大。 总结：NJ法适合用于进化距离不大，信息 位点少的短序列。如近源物种序列分析。 * 最大简约法（maximum parsimony method，MP）：对某一个可能的树，首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断，然后统计每个位点，用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。 优点：MP发对于分析某些特殊的分子数据（如插入、缺失）有用。分析的序列上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大时，MP 能获得正确的（真实）的系统树。 缺点：MP法推导的树不是唯一的，在序列分析上存在