分子生物学方法在环境微生物生态学中的应用研究进展-姬洪飞.pdfVIP

第 ３６ 卷第 ２４ 期 生 态 学 报 Ｖｏｌ．３６，Ｎｏ．２４ ２０１６年１２月 ＡＣＴＡ ＥＣＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ Ｄｅｃ．，２０１６ ＤＯＩ：１０．５８４６／ ｓｔｘｂ２０１５０６０４１１３２ 姬洪飞，王颖．分子生物学方法在环境微生物生态学中的应用研究进展．生态学报，２０１６，３６（２４）：　 ⁃　 ． Ｊｉ Ｈ Ｆ，Ｗａｎｇ Ｙ．Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｐｐｒｏａｃｈ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｅｃｏｌｏｇｙ ｓｔｕｄｉｅｓ．Ａｃｔａ Ｅｃｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ，２０１６，３６（２４）：　 ⁃　 ． 分子生物学方法在环境微生物生态学中的应用研究 进展 １，２ １，２，∗ 姬洪飞 ，王　 颖 １西北农林科技大学水土保持研究所黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室，杨凌　 ７１２１００ ２ 中科院水利部水土保持研究所，杨凌　 ７１２１００ 摘要：随着分子生物学方法的不断发展和改进，微生物在生态系统中的作用被更好的挖掘出来。 目前快速发展的先进的分子生 物学技术，已经开始应用于分析环境微生物的多样性、微生物的生物地理学及微生物对气候变化的响应等。 一般环境微生物的 研究目标主要有３个，即确定微生物的种类和多样性、微生物的功能或潜在作用及在特定时间点活跃的微生物等。 然而，现有 微生物的研究方法复杂多样，容易给研究者在方法的选择上带来困惑。 本文将从微生物的多样性和功能研究两个方面介绍和 分析相应的分子生物学方法，尤其是近年来快速发展的高通量测序、宏组学和单细胞水平研究方法（如纳米二次离子质谱与荧 光原位杂交相结合的方法）等新技术及其应用情况，以期为研究者选择合适的研究方法进行环境微生物的研究提供依据。 关键词：微生物多样性；微生物功能；同位素标记；高通量测序；宏基因组／ 宏转录组；单细胞水平研究方法 Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｐｐｒｏａｃｈ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｅｃｏｌｏｇｙ ｓｔｕｄｉｅｓ １，２ １，２，∗ ＪＩ Ｈｏｎｇｆｅｉ ，ＷＡＮＧ Ｙｉｎｇ １ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ ＳｏｉｌＥｒｏｓｉｏｎａｎｄＤｒｙｌａｎｄＦａｒｍｉｎｇ ｏｎＬｏｅｓｓＰｌａｔｅａｕ，Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆ Ｓｏｉｌａｎｄ Ｗａｔｅｒ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ，ＮｏｒｔｈｗｅｓｔＡ＆Ｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｙａｎｇｌｉｎｇ ７１２１００ Ｃｈｉｎａ ２Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｓｏｉｌ ａｎｄ Ｗａｔｅｒ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄＭｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ ＷａｔｅｒＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，Ｙａｎｇｌｉｎｇ ７１２１００，Ｃｈｉｎａ Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｉｎｈａｂｉｔ ａｌｍｏｓｔ ｅｖｅｒｙ ｉｍａｇｉｎａｂｌｅ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ａｎｄ ａｒｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｐｌａｙｅｒｓｉｎ ｂｉｏｇｅｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｃｙｃｌｅｓ． Ｗｉｔｈ ｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙ⁃ｂａｓｅｄａｐｐｒｏａｃｈｅｓ，ｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎｓａｎｄｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆ ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｉｎ ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓｃａｎｂｅｅｘｐｌｏｒｅｄｉｎｍｏｒｅｄｅｔａｉｌｔｈａｎｅｖｅｒｂｅｆｏｒｅ．Ｒａｐｉｄｌｙ ａｄｖａｎｃｉｎｇｍｏｌｅｃｕｌａｒｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｈａｖｅ ｂｅｅｎ ａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ ｑｕｅｓｔｉｏｎｓ ｒｅｇａｒｄｉｎｇ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，ｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ，ａｎｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｃｈａｎｇｅｓ． Ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓｉｎｔｈｅｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｇｅｎｅｒａｌｌｙｆｏｃｕｓｏｎｔｈｒｅｅｏｂｊｅｃｔｉｖｅｓ—ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｗｈｉｃｈｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓａｒｅｐｒｅｓｅｎｔ，ｗｈａｔ ｔｈｅｉｒ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ ａｒｅ，ａｎｄｗｈｉｃｈ ａｒｅ