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ncbi blast
NCBI中Blast种类简介
1． Blast Assembled Genomes
在一个选择的物种基因组序列中去搜索。
2．Basic Blast
2.1 nucleotide blast 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序
2.1.1 Blastn核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.1.2 megablast该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。 可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较
2.1.3 discontiguous megablast与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。
2.2 Protein Blast
2.2.1 Blastp 蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.2.2 psi-blast位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
2.2.3 PHI-BLAST以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。
2.3 Translating BLAST
2.3.1 blastx先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。
2.3.2 tblastn先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。
2.3.3 tblastx先将待查询的
核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后再将两种翻译结果在蛋白质水平上进行比较
3．Specialized Blast Specialized BLAST pages 可以对特殊生物或特殊研究领域的序列数据库进行检索。
例：CD - Search
CD - Search 是使用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。
Pairwise BLAST
Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。
IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp或blastn来搜索nr资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变化区基因的特殊的资料库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三个主要的功能∶1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J区，2）根据Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains（从FWR1到FWR3），3）对於搜索核酸或蛋白nr资料库，通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化区基因来简化识别相关序列的过程。
等等。。。。。。。。。
在线BLAST的使用方法
1、登陆blast主页：/BLAST/
2、根据数据类型，选择合适的程序
3、填写表单信息
序列的输入、比对搜索区域的选择、数据库的选择：
_/ [限制调节、打分矩阵及其他参数的设置：
图中各参数的含义：（不同的平台有少许差异，请对比参照）9 L4 N3 I) u+ N0 {$ q
Word siez选项：4 c, r* F* g t g) B, j9 u
BLAST 程序是通过比对未知序列与数据库序列中的短序列来发现最佳匹配序列的。最初进行“扫描”(scanning)就是确定匹配片段。序列的匹配程序由短序列(定义为“word”,即字)的联配得分总和来决定。联配时，“字”的每个碱基均被计分：如果碱基对完全相同(如 A 与 A)，得某一正值；如果碱基对不很匹配(W与A或 T)，则得某一略小的正值；如果两个碱基不匹配，则得一负值。总的 合计得分便决定了序列间的相似程度。得分高的匹配序列被称为高比值片段对(high-scoring segment pairs, HSP)。BLAST 程序在两个方向扩展 HSP，直至
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