Entropy Involved in Fidelity of DNA Replication 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Entropy Involved in Fidelity of DNA Replication 英文参考文献.doc

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Entropy Involved in Fidelity of DNA Replication 英文参考文献

EntropyInvolvedinFidelityofDNAReplication J.RicardoArias-Gonzalez1,2,3 * 1InstitutoMadrilen?odeEstudiosAvanzadosenNanociencia,Cantoblanco,Madrid,Spain,2DepartmentofMacromolecularStructure,CentroNacionaldeBiotecnolog?′a, Madrid,Spain,3CentroNacionaldeBiotecnolog?′a–InstitutoMadrilen?odeEstudiosAvanzadosNanocienciaAssociatedUnit‘‘UnidaddeNanobiotecnolog?′a’’,Madrid,Spain Abstract InformationhasanentropiccharacterwhichcanbeanalyzedwithintheframeworkoftheStatisticalTheoryinmolecular systems.R.LandauerandC.H.Bennettshowedthatalogicalcopycanbecarriedoutinthelimitofnodissipationifthe computationisperformedsufficientlyslowly.Structuralandrecentsingle-moleculeassayshaveprovideddynamicdetailsof polymerasemachinerywithinsightintoinformationprocessing.Here,weintroducearigorouscharacterizationofShannon InformationinbiomolecularsystemsandapplyittoDNAreplicationinthelimitofnodissipation.Specifically,wedevisean equilibrium pathway in DNA replication to determine the entropy generated in copying the information from a DNA templateintheabsenceoffriction.Boththeinitialstate,thefreenucleotidesrandomlydistributedincertainconcentrations, andthefinalstate,apolymerizedstrand,aremesoscopicequilibriumstatesforthenucleotidedistribution.Weuseempirical stackingfreeenergiestocalculatetheprobabilitiesofincorporationofthenucleotides.Thecopiedstrandis,tofirstorderof approximation,astateofindependentandnon-indenticallydistributedrandomvariablesforwhichthenucleotidethatis incorporatedbythepolymeraseateachstepisdictatedbythetemplatestrand,andtosecondorderofapproximation,a state of non-uniformly distributed random variables with nearest-neighbor interactions for which the recognition of secondarystructurebythepolymeraseintheresultantdouble-strandedpolymerdeterminestheentropyofthereplicated strand. Two incorporation mechanisms arise naturally and their biological meanings are explained. It is known that replication occurs far from equilibrium and therefore the Shannon entropy here derived represents a