Molecular Evolution of GII-4 Norovirus Strains 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Molecular Evolution of GII-4 Norovirus Strains 英文参考文献

MolecularEvolutionofGII-4NorovirusStrains KatherinaZakikhany1,2.,DavidJ.Allen1*.,DavidBrown1,MirenIturriza-Go′mara1¤ 1VirusReferenceDepartment,HealthProtectionAgencyMicrobiologyServices,London,UnitedKingdom,2TheEuropeanProgrammeforPublicHealthMicrobiology Training(EUPHEM),EuropeanCentreforDiseasePreventionandControl(ECDC),Stockholm,Sweden Abstract Background:HumanNoroviruses(NoV)arethemajorcauseofacutenonbacterialgastroenteritisandtheleadingcauseof outbreaks of gastroenteritis worldwide. Genotype II-4 (GII-4) NoV has been shown to spread rapidly and is the most commonlydetectedstrainworldwide,particularlyinassociationwithoutbreaks.Previously,wehaveshownthatcirculating GII-4NoVstrainsexistaspopulationsofselectivelyneutralvariants,andthattheemergenceofepidemicGII-4NoVstrains correlatedwithmutationsinatleasttwokeysites(SitesAandB)withintheP2domainofthesurfaceexposedmajorcapsid protein(VP1). Methodology:WedevelopedarapidpyrosequencingmethodforscreeningofthetwoSitesAandBandahomologybased modellingsystemwasusedtopredicttheeffectsofaminoacidsubstitutionsatthesesitesontheantigenicpropertiesof thevirus(definedassurfacemotiftypes). PrincipleFinding/Conclusion:Here,wedescribethecharacterisationofaminoaciddiversityatSitesAandBfor1062GII-4 NoVstrainsfromclinicalspecimenassociatedwithoutbreakofgastroenteritis(2000–2011)and250GII-4NoVsequences fromGenbank.OurdataidentifiedahighdiversityofdifferentSiteAandBsitecombinationsataminoacidlevelandamino aciddiversitywashigheratSiteBthanSiteA.SiteAmotifscouldbegroupedinto3clustersbasedonsimilarsurfacemotif types.WepredictthatSiteAisamajorepitopeonthevirussurface,responsiblefordefiningtheantigenicprofile,anda moresubtleroleforSiteB,maintainingminorantigenicvariationwithintheviruspopulation. Citation: Zakikhany K, Allen DJ, Brown D, Iturriza-Go′mara M (2012) Molecular Evolution of GII-4 Norovirus Strains. PLoS ONE 7(7): e41625. doi:10.1371/ journal.pone.0041625 Editor:KimJ.Hasenkrug,NationalInstituteofAllergyandInfectiousDiseases,UnitedSta