RNA Captor A Tool for RNA Characterization 英文参考文献.docVIP

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2017-05-13 发布于上海
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RNA Captor A Tool for RNA Characterization 英文参考文献.doc

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RNA Captor A Tool for RNA Characterization 英文参考文献

RNACaptor:AToolforRNACharacterization ChristianClepet* URGVPlantGenomics,INRAUMR1165UEVE/CNRSERL8196,Evry,France Abstract Background:Inthegenomeera,characterizingthestructureandthefunctionofRNAmoleculesremainsamajorchallenge. Alternativetranscriptsandnon-protein-codinggenesarepoorlyrecognizedbythecurrentgenome-annotationalgorithms andefficienttoolsareneededtoisolatetheless-abundantorstableRNAs. Results:AuniversalRNA-taggingmethodusingtheT4RNAligase2andspecialadaptersisreported.Basedonthissystem, protocolsforRACEPCRandfull-lengthcDNAlibraryconstructionhavebeendeveloped.TheRNAtaggingconditionswere thoroughlyoptimizedandcomparedtopreviousmethodsbyusingabiochemicaloligonucleotidetaggingassayandRACE PCRs on a range of transcripts. In addition, two large-scale full-length cDNA inventories relying on this method are presented. Conclusion:TheRNACaptorisastraightforwardandaccessibleprotocol.Thesensitivityofthisapproachwasshowntobe highercomparedtopreviousmethods,andapplicableon messengerRNAs,non-protein-coding RNAs,transcription-start sitesandmicroRNA-directedcleavagesitesoftranscripts.ThisstrategycouldalsobeusedtostudyotherclassesofRNAand indeepsequencingexperiments. Citation:ClepetC(2011)RNACaptor:AToolforRNACharacterization.PLoSONE6(4):e18445.doi:10.1371/journal.pone.0018445 Editor:JuanMata,UniversityofCambridge,UnitedKingdom ReceivedJanuary3,2011;AcceptedFebruary28,2011;PublishedApril13,2011 Copyright: ?2011 Christian Clepet. This is anopen-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, whichpermits unrestricteduse,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalauthorandsourcearecredited. Funding:ThisworkwassupportedbyUMR1165INRAUEVE,CNRSERL8196,theInternationalGrapevineGenomeProjectANR-05-GPLA-014andtheInternational CucurbitGenomeInitiative.Thefundershadnoroleinstudydesign,datacollectionandanalysis,decisiontopublishorpreparationofthemanuscript. CompetingInterests:TheauthorwasgrantedapatentonthisRNA-taggingmethod