蛋白质组学检测及分析方案.pdfVIP

iTRAQ 检测及数据分析 目录 一、项目简介 3 二、实验方案 3 2.1 样品准备 3 2.2 实验流程 3 2.3 实验结果 4 三、分析方案 4 3.1 原始数据预处理及均一化 4 3.2 差异蛋白筛选 4 3.3 层次聚类分析 5 3.4 差异蛋白GENE ONTOLOGY 分析 6 3.5 差异基因PATHWAY 分析 6 3.6 差异蛋白NETWORK 分析 7 四、费用概算 7 五、时间概算 7 2 iTRAQ 检测及数据分析方案 一、项目简介 样品情况： 对比情况： 对实验产出的原始数据进行生物信息学处理。组间相互对比筛选差异蛋白， 并对差异蛋白进行后续生物信息学数据分析。具体内容见如下方案： 二、实验方案 2.1 样品准备 如果送样为溶液， 则溶液中一般不要有SDS、CHAPS、Triton X-100、NP40 及吐温 20、 40 等系列的去污剂。盐浓度小于50mM。 样品可以直接寄送未处理的组织，组织样品需要100Mg,如蛋白已经提取，则需要蛋白 量200ug。 2.2 实验流程 同位素标记相对和 对定量(iTRAQ)技术是一种新的、功能强大的可同时对八种样品进 行 对和相对定量研究的方法。作为一种新的蛋白质 对和相对定量技术，具有很好的精确 性和重复性，并且弥补了DIGE 及ICAT 的不足。它可以结合非凝胶串联质谱技术，对复杂样 本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对定量研究。 3 2.3 实验结果 我们的实验结果将由专业软件Protein Pilot 3.0 (ABI,USA) 进行展示： 鉴定鉴定蛋白蛋白质质的相的相关关信息信息 鉴鉴定到定到的的该该蛋白蛋白质质的的肽断肽断相相关关信息信息 同一同一个个ggrrooupup的的蛋白蛋白质质 上图上图选中选中绿色绿色的的肽断肽断的的质质谱图谱图信息信息 鉴定出来总的蛋白质编号 蛋白质数据库编号及名称蛋白质数据库编号及名称 得分值得分值 蛋白质肽断覆盖率蛋白质肽断覆盖率 蛋白质在各组样品中表达量的比值变化蛋白质在各组样品中表达量的比值变化 所选定蛋所选定蛋白白质（上表绿色）的肽断信息质（上表绿色）的肽断信息 质质谱谱图定量信息图定量信息 三、分析方案 3.1 原始数据预处理及均一化 首先对原始检测数据进行预处理和均一化处理。使得数据达到后期统计学分析要求。 3.2 差异蛋白筛选 利用统计学方法筛选差异表达的蛋白。一般认为高丰度蛋白鉴定出多个肽段，低丰度蛋 4 白鉴定出较少肽段，因此检定出来的肽段数可以直接反 蛋白的表达量。我们认为经过检验 校正的p-value: p0.01 的基因为差异表达蛋白。 3.3 层次聚类分析 所有的差异蛋白表达值首先经过对数转换，作为层次聚类算法的输入。其中距离 (dist