第3章蛋白质的三维结构.pptVIP

第3章 蛋白质的三维结构 二级结构、超二级结构和结构域、三级结构、四级结构 本章主要内容 稳定蛋白质三维结构的作用力 二级结构与纤维状蛋白质 超二级结构和结构域 三级结构与球状蛋白质 亚基缔合和四级结构 研究蛋白质构象的方法 X射线衍射法 研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法：紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、核磁共振 一、稳定蛋白质三维结构的作用力 主要是一些弱的相互作用或称非共价键，包括氢键、范德华力、疏水作用和盐键（离子键）。 共价二硫键在稳定某些蛋白质的构象方面也起着重要作用。 静电作用 静电作用是指荷电基团、偶极以及诱导偶极之间的各种静电吸引力。 酶、核酸、生物膜、蛋白质等生物大分子的表面都具有可电离的基团和偶极基团存在，很容易与含有极性基团的底物或抑制剂等生成盐键和其它静电作用 1.氢键 在稳定蛋白质结构中起着极重要的作用。 氢键的形成：氢键是由两个电负性强的原子对氢原子的静电引力所形成。它是质子给予体X-H和质子接受体Y之间的一种特殊类型的相互作用。 1.氢键 氢键的大小和方向：氢键的键能比共价键弱，比范德华力强，在生物体系中为13～30 kj/mol。氢键的方向用键角表示，是指X—H与H…Y之间的夹角，一般接近180?。 氢键具有方向性和饱和性。 2.范德华力 这是一种普遍存在的作用力，是一个原子的原子核吸引另一个原子外围电子所产生的作用力。它是一种比较弱的、非特异性的作用力。 这种作用力非常依赖原子间的距离，当相互靠近到范德华距离时，这种力就表现出较大的集合性质。 范德华力包括引力和排斥力，其中作用势能与1/R6成正比的三种作用力（定向效应、诱导效应和分散效应）通称为范德华引力。 3.疏水作用 疏水作用是指极性基团间的静电作用和氢键使极性基团倾向于聚集在一起，因而排斥疏水基团，使疏水基团相互聚集所产生的能量效应和熵效应。 水介质中球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子的内部。 3.疏水作用 蛋白质溶液系统的熵增加是疏水作用的主要动力； 高分子的蛋白质可形成分子内疏水链、疏水腔或疏水缝隙，可以稳定生物大分子的高级结构。 4.盐键 是正负电荷之间的一种静电相互作用。 同时，蛋白质中的可解离基团通常分布在球状蛋白质分子表面，与介质水发生电荷—偶极相互作用，形成水化层，对稳定蛋白质构象有一定作用。 5.共价二硫键 二硫键的形成并不规定多肽链的折叠，但对蛋白质三维构象起稳定作用。 二硫键大多在多肽链的β转角附近形成。 某些二硫键是生物活性所必需的，另一些则与维持蛋白质的稳定有关。 二、二级结构与纤维状蛋白质 蛋白质的二级(Secondary)结构是指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。它只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。 主要有?-螺旋、?-折叠、?-转角等。 二、二级结构与纤维状蛋白质 α螺旋 β折叠片 β转角和β凸起 无规卷曲 纤维状蛋白质 1. ?-螺旋?-helix 在?-螺旋中肽平面的键长和键角一定； 肽键的原子排列呈反式构型； 相邻的肽平面构成两面角。 1. ?-螺旋 多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，形成螺旋结构； 螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基；两个氨基酸之间的距离为0.15nm; 螺旋直径0.5nm。 1. ?-螺旋 肽链内形成氢键，氢键的取向几乎与轴平行。从N-末端出发，氢键是由每个肽键的-CO基与其后面第3个肽键的-NH基之间形成的； 氢键封闭的环是13元环。 蛋白质分子为右手?-螺旋。 1. ?-螺旋 一条肽链能否形成?-螺旋与它的氨基酸组成和序列有极大的关系。 R基小、不带电荷的氨基酸易于形成?-螺旋，如Ala。 R基大、带电荷的氨基酸不易于形成?-螺旋，如Ile、Pro、Lys。 ?-螺旋 2. ?-折叠 ?-pleated sheet ?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成的。肽链的主链呈锯齿状折叠构象。 在?-折叠中，?-碳原子总是处于折叠的角上，氨基酸的R基团处于折叠的棱角上并与棱角垂直。 2. ?-折叠 ?-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成的，也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联，氢键与链的长轴接近垂直。 2. ?-折叠 ?-折叠有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。 3.?-转角和?凸起?-turn ?-bugle ?-转角部分由四个氨基酸残基组成; 弯曲处的第一个氨基酸残基的 -C=O 和第四个残基的 –N-H 之间形成氢键，形成一个比较稳定的环状结构。 这类结构主要存在于球状蛋白分子中。 3.?-转角和?凸起?-turn ?-bugle