第一讲原核生物rna的转录1.pptVIP

转录的不对称性： 在RNA的合成中，DNA的二条链中仅有一条链可作为转录的模板，称为转录的不对称性。 总结：大肠杆菌RNA聚合酶的组成分析 RNA聚合酶与DNA聚合酶的区别 典型启动子的结构 -35 -10 转录起点 TTGACA 16-19bp TATAAT 5-9bp RNA 链 的 延 伸 B、依赖?因子的终止模型： （3）、 -35 区序列的突变使转录闭合复合体的形成速度减慢，但并不抑制其转变为转录开放复合体。 因此-35 区序列的功能是为RNA 聚合酶的识别提供信号，因此，可以将-35 区序列看作是“识别域” (Recognitiondomain) 。 （4）、? Sextama Box 与Pribnow Box 间距17bp, 有利于RNApol启动 17bp的间距较17bp的序列特异性对转录更为重要 （5）、Sextama Box or Pribnow Box mut. → 转录率下降100X Sextama Box and Pribnow Box mut. → 转录率下降1000X 4、Promoter与δfactor 间的作用 ●二者结合的专效性决定了 某个启动子是strong promoter 还是 weak promoter ★ 与标准启动子序列同源性愈高 → 启动强度愈大 与标准启动子序列同源性愈低 → 启动强度愈小 若与标准启动子序列差异很大 → 则由另一种δ因子启动 E.coli ; 4δfactor → recognition 4 promoters Bacillus ; 10δfactor → recognition 10 promoters 二、原核生物基因转录的起始过程： 1、全酶结合到启动子序列上，形成一个闭合(Closed)的二元复合物而开始反应； 2、与酶结合的一小段DNA 序列的“溶解”导致了闭合复合体转变为开放(Open)复合体。对于强启动子来说，闭合复合体向开放二元复合物的转变是不可逆转的。 （一）、转录的起始： 3、第三步是最开始的两个核苷酸之间的连接。在它们之间会形成一个磷酸二酯键，这样，所产生的三元复合物(Ternary complex)就包括RNA、DNA、聚合酶。 4、当起始过程完成后，聚合酶释放出σ因子而转变为核心酶，后者和DNA、新生RNA 组成延伸三元复合物。 接下来加入的前九个核苷酸，聚合酶是一直不移动的，产生一条短RNA链，直到九个碱基为止。九个碱基中的任何一个加入后，聚合酶都有释放RNA的可能性，导致流产起始(Abortive initiation)。但流产起始之后聚合酶又开始合成第一个碱基。流产起始常常产生一系列短的寡聚核苷酸(2~9 个碱基)。 总结：转录的起始 转录延伸之前，RNA聚合酶要经过数个步骤。闭合二元复合物转化为开放二元复合物，开放二元复合物再转化为三元复合物。 （二）、起始过程中的RNA聚合酶的形态变化： 1、当RNA聚合酶全酶最初结合到DNA上时，它覆盖了从-55 到+20大约75～80bp 的长度。 2、伴随σ因子的失去，聚合酶与-55到-35 的结合也失去，仅剩下约60bp 的DNA被聚合酶所覆盖。 这说明：启动子的上游部分仅参与RNA 聚合酶的起始识别，起始以后便不再起作用。 3、当RNA 链延伸到15～20 个碱基时，酶会发生进一步的形态变化，转变成负责转录延伸的复合体，仅覆盖30～40bp长度。 RNA聚合酶首先与-55到+20之间的区域接触，当σ 因子解离下来后，核心酶与-30 左右的序列结合。接着核心酶向前移动，结构逐渐致密并最终形成延伸复合物。 总结：转录起始过程中复合物的变化 象蠕虫一样移动 三、转录的延伸： σ因子释放后，进入链的延长阶段 1、RNA 合成在一个“转录泡(Bubble)”中进行，在转录泡中，DNA被瞬间分离成单链，其中一条被作为RNA合成的模板。当RNA聚合酶沿DNA移动时，空泡也随之移动。 3′ 5′ RNA-DNA杂交螺旋 聚合酶的移动方向 新生RNA 复链 解链 有义链 模板链（反义链） 延长部位 DNA RNA链的合成方向5′→3′ 各种结果表明，RNA-DNA杂交区的长度在3~9 个碱基对之间。 所有核苷酸的合成都是从游离核苷酸的5￠-三磷酸基团与RNA链末端的3￠-OH之间的缩合反应。新加入核苷酸失去末端的两个磷酸基(γ和β)；其α磷酸基与RNA链形成磷酸二酯键。这个反应发生在催化位点。 2、磷酸二酯键的形成： 37℃时