严重烫伤大鼠早期胫骨前肌组织中微小RNA表达谱数据的靶基因分析.pdfVIP

.120. 中华损伤与修复杂志(电子版回16 年第11 卷第2 期出n J Ini lllY勘阳ir and W创nd Hælir职(Electronic Edition) , April :.D16, Vol 11 , No.2 ·短篇论著· 严重烫伤大鼠早期腔骨前肌组织中微小 RNA 表达谱数据的靶基因分析 张海军郝岱峰柴家科郁永辉 [摘要] 目的 初步确定严重烫伤大鼠早期腔骨前肌组织中差异表达微小 RNA(miRNA) 的靶 基因，从而为进一步机制研究指明方向。方法 采用高通量芯片技术检测严重烫伤大鼠早期腔骨前 肌miRNA 表达谱数据，筛选部分差异明显且相关性较好的 miNRA ，包括 miR-l-坤、miR-206-坤、miR- 133a-3p ， miR-22-3p 、 miR-30a-5p 、 miR-30d-3p、 miR-190b-5p、 miR-628 和 miR-678 ，利用互联网络检索 数据库 Mirbase 、 Miranda 和 Mirdb ，对这些差异 miRNA 进行靶基因预测。结果 3 大数据库预测结果 显示差异 miRNA 主要调控79 个靶基因，网络关系图显示了 miR-l-坤、miR-206-坤、miR-133a-3p 、 miR-22-3p 、 miR-30a-5p 、 miR-30d-坤、miR-190b-5p 、 miR-628 和miR-678 等miRNA 及其预测靶基因之 间复杂的调控网络关系。结论 根据初步的预测结果，miR-1-3p 和 miR-206-3p 共同调控的靶基因 较多，可作为进一步机制研究的理论依据。 [关键词} 预测; 烧伤; 肌，骨倍; 靶基因 microma/home. do. )、 Mirdb 数据库(网址为 http://mirdb. 严重烫伤后患者呈高代谢状态，可引起骨锵肌消耗、萎 or每句niRDB/) 。 缩，早期可导致感染加重、晚期影响功能锻炼及康复治疗，严 重者危及患者生命[叫。国内外对于蛋白水平和基因水平的 二、方法 调控机制研究较多[37] ，但针对其基因上游调控机制尚不明 1.预测策略:对于大鼠，采用 Mirbase ,Miranda 和 Mirdb ， 首先分别查新检索3 个数据库的各自预测信息，然后将每个 确，特别是微小 RNA(microRNA ， miRNA) 的表观遗传学调控 数据库的预测结果进行比较，最终预测结果取3 个数据库共 机制。在之前的研究中笔者采用生物芯片筛选出严重烫伤 大鼠早期腔骨前肌组织中 miRNA 的表达谱变化[町，本研究 同的预测结果即其中的重叠部分。 2. 构建miRNA 与靶基因网络图:将显著性功能与显著 拟采用靶基因预测技术，对部分 miRNA 进行靶基因预测，初 性 Pathway 所包含的靶基因取交集后和 miRNA 构建基因与 步确定其可能的调控基因，为下一步研究指明方向。 miRNA 调控网络(待确认) ，可以在全局水平上直观地反应 资料与方法 基因之间的相互关系，同时反映了基因调控网络的稳定性。 根据网络中 miRNA 的位置函数计算出 miRNA 在网络中的 一、预测数据来源