蛋白质结构预测吴凌云.pptVIP

蛋白质的势能 蛋白质的势能 能量函数 基于能量最小化的从头预测法 基本步骤 选择蛋白质能量函数模型 选择三维结构的表示方法 选择三维结构的评价函数 选择寻找最优结构的优化方法 关键问题 大规模非线性规划 大量的局部极小点 在计算时间和准确度之间寻找平衡 最优化方法 非线性规划 最速下降法 牛顿法 共轭梯度法 全局优化方法 遗传算法 分解-结合法 离散化方法 Monte Carlo方法 Metropolis算法 基本步骤 选择一个初始结构A 随机产生一个新的结构B 如果 ，接受B 否则产生一个[0,1]之间的随机数r 如果 ，接受B，否则拒绝 重复以上步骤 温度T的修改——模拟退火方法 分子动力学（动力系统） 方法 对蛋白质中原子间的作用力进行建模 用动力学方程跟踪蛋白质折叠时每个原子的位置 求解这些方程的解析解是极其困难的 用离散动力系统的方法来确定数值解 问题 模拟蛋白质折叠过程是非常消耗时间的 模拟 10-9 秒的蛋白质折叠过程大约需要一天时间 蛋白质的实际折叠时间大约在 10-4 秒的数量级或者更多 需要超级计算机 预测结果 E. Eskow, B. Bader, R. Byrd, et al. An optimization approach to the problem of protein structu