生物化学与分子生物学精品 .pptVIP

基于细菌中基因组、转录组及代谢组等网络的功能建模 * 30亿碱基 * 位于一个细胞中的大分子物质，如mRNA、蛋白质以及其他代谢分子等，它们在细胞内并不是孤立其作用的，而是通过相互协作，来构建不同生物体独特的存在形式及其功能。同时，这些分子的协同作用就构成了一个错综复杂的网络，这个网络中的大分子物质有效的发挥功能，是由细胞内的特定条件或者特定的信号通路来维持的。 * 在系统生物学的研究中，一个主要的挑战就是如何来模拟这些网络，即探究哪些生物分子发生相互作用。 在这片综述中，作者首先介绍了基于近年来通过各种各样组学（如基因组学、蛋白质组学、代谢组学、相互作用组学、表型组学）得到的数据来构建这个整合的网络，随后，对基于这个作用网络的细菌功能建模进行了论述。 * * * 第一部分是通过整合互补的的组学数据，对同源性的网络进行重建。 其基本思想就是叠加不同的同源性网络。这些同源性网络的数据大部分是通过基因组分析实验获得的。 如表格1所示。 * 在这种策略下，有一种情况，是两个网络发生相互作用的节点是反映相似信息的。比如，例1所显示的，为两个共表达的基因网络的相互作用，所以相同网络节点所构成的新的网络就意味着潜在的功能相关性。 在这种算法中，用到的有cMONKEY算法。这个是cMONKEY算法算法的一个网页，其主要是在系统生物学中进行应用的。 * 第二个例子，是用来整合数据集的。利用统计模