文献检索与数据收集.pptVIP

EST信息检索及常用数据库 石河子大学动物科技学院 贾 斌 主 要 内 容 文献检索 常用的文献检索数据库 文献管理 常用的EST数据库 实践 1.1 文献检索方法 检索工具法 追溯法 分段法 1.2 检索途径 文献检索途径是指通过何种特征来进行检索。如著者、出版年份、关键词等。 检索工具中对文献不同特征进行标识而编制的各种索引，给检索者提供了各种检索途径。 例如，在PubMed中，就有著者途径，文献名称途径、主题途径等等； 1.3 文献检索步骤（参考） 分析课题，明确检索目标和范围； 选择检索工具； 选择检索手段和检索方法； 选择检索途径，确定检索标识； 查找文献，获取原始文献。 二、一些常用的文献检索数据库 2.1 中文文献全文数据库 2.2 外文文献检索 PubMed（/entrez/query.fcgi?db=PubMed ） MEDLINE（/ ） Scholar Google（/ ） ISI web of knowledge() PubMed PubMed是美国国家医学图书馆（NLM）开发的基于网络服务的查询系统，可以免费查询MEDLINE、OLDMEDLINE、PREMEDLINE以及其他相关的数据库，截至到2013年11月，PubMed中共收录了23,772本期刊杂志，包括了二千七百多万的生物学和医学文献，最早的文献可以追溯到上世纪50年代。PubMed中包括了这些文献的一些全文链接或者其他的一些信息。 主页 PubMed services Journals Database Mesh Database Single Citation Matcher Batch Citation Macher Clinical Queries LinkOut My NCBI(Cubby) PubMed附加菜单栏 Limits Preview/Index History Clipboard Details 【实例1】 检索最新的关于人类EST应用的综述性文献。 PubMed显示方式（Display） Summary（go） Brief Abstract Citation MEDLINE 三、文献管理 Reference Manager （以此软件为例简单讲解实际使用方法，它将使论文写作中参考文献的使用和插入十分方便。） EndNote / EndNote Web （也将以此软件为例讲解实际使用方法，它将使论文写作中参考文献的使用和插入十分方便。） ProCite http://www.adeptscience.co.uk/index.html 四、常用的EST数据库 其他相关数据库 4.1 dbEST dbEST是目前最大的一个公共功能性序列数据库，是由NCBI于1992年开发的专门用于收集各个研究组织递交的EST数据。直到2010年11月，该数据库中已有1976个物种的EST数据231,275,705条，其中人的EST约有1700万条，小鼠的EST1200多万条。 下面我们以一个具体的例子来说明如何从dbEST数据库中收集我们想要的数据。 【实例2】在dbEST数据库中搜索并保存有关人的EST序列 步骤如下： 1、搜索人类的EST序列（图示）： 2、保存我们所需要的信息(图片) 4.2 EST序列的递交 向dbEST中递交EST数据 E-mail递交（需要一定的格式） 实验证实具有生物学功能的EST序列 BankIt、Sequin 更多介绍参考网页：/Genbank/submit.html 4.2.1 EST序列的E-mail递交 序列数据的递交必须包括4个文件：Publication、Library、Contact以及EST。 图谱数据的递交也包括4个文件：Publication、Contact、Method和Map Data。 文件组织好以后，发送邮件到batch-sub@就可以完成递交。 EST数据的更新 EST数据的更新与数据的递交类似，只要修改数据文件中的信息（除了EST#和CONT_NAME），然后把STATUS内容改为“Update”而不是“New”。对Publication、Contact、源数据、EST#或者CONT_NAME所做的修改必须发送邮件到batch-sub@并阐明原因。最后把修改后的文件发送到batch-sub@就可以完成更新。 4.2.2 具有生物学功能的EST序列的递交 BankIt /BankIt/ Sequin /sequin/ /Sequin/download/seq_download.html 4.3 UniGene 为了解决冗余和重叠的问题，NCBI的科学家们开发