调控头颈鳞癌放疗敏感性的lncRNA初步筛选.pdfVIP

贵阳医学院 2014 届硕士研究生论文 调控头颈鳞癌放疗敏感性的 lncRNA初步筛选 摘要： 目的：应用高通量长链非编码RNA （lncRNA）芯片初步筛选头颈鳞癌SCCⅦ细胞株放射 前后差异表达的 lncRNA，并对其通过生物信息学分析差异表达 lncRNA 及其靶基因， 为寻找靶向调控DNA-DSB 修复的 lncRNA提供前期基础。 方法：分别提取 SCCⅦ细胞株放疗前后的 RNA，体外逆转录制备并标记为双链 cDNA （ds-cDNA），与含有33231 条 lncRNA 的芯片进行杂交，筛选差异表达的 lncRNA，利 用CIS 法和Trans 法筛选靶基因，借助DAVID 分析软件中的KEGG 分析等方法挖掘数据， 找到相关通路，得到预测目标 lncRNA。 结果：筛选出SCCⅦ细胞株中差异表达的 lncRNA共 1280 条，其中在肿瘤组织中高表 达的 lncRNA共885 条，低表达的 lncRNA共395 条（变化2 倍）。通过KEGG 信息分析 认为:lncRNA对应的靶基因富集于3 条通路“肿瘤相关通路(Pathways in cancer)”、 Wnt 信号通路(Wnt signaling pathway )和“轴突导向通路(Axon guidance) ”信 号通路(q0.05)。 结论：①细胞株放疗前后存在lncRNA的表达差异,并由此建立头颈鳞癌放疗相关lncRNA 表达谱。②PRKCA, STAT5B很可能是控制头颈鳞癌放疗反应敏感性的标志物，因此考虑 与之对应的两个lncRNA：SEQ—ID为16203-3和SEQ- ID为31238-3，也可能作为控制头颈 鳞癌放疗反应敏感性的标志lncRNA。③综合信息学分析得到了数个可能的富集生物过 程和富集通路,如 “Wnt信号通路（Wnt signaling pathway）”，其通路上的靶基因和对 应的lncRNA发生了表达上的差异变化。故上述lncRNA和基因对此放射过程存在敏感性, 为我们后续的研究提供了研究的方向和依据。 关键词：长链非编码RNA; lncRNA 芯片；头颈鳞癌；放疗敏感性 2 贵阳医学院 2014 届硕士研究生论文 前言 头颈部鳞癌(head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC)是世界第6大恶性 肿瘤, 全球每年大概645，000病例新增。近年来，头颈部肿瘤的年发病率在我国约为 15．22 ／10万，占全身恶性肿瘤的4．45％, 呈现逐年上升的趋势。调查发现，头颈肿 瘤与长期吸烟、饮酒等不良因素关系密切，近15年，头颈部鳞癌的发生率却没有改变 [1，2] 。尽管近年来对HNSCC的诊疗水平有了很大的提高，但是其5年生存率仍然徘徊在 50％左右。尤其是对于复发或远处转移的HNSCC晚期患者，传统的手术、放疗及化疗远 [3] 期治疗效果有限 。治疗失败的主要原因为肿瘤局部复发和远处转移，放射治疗是目 前肿瘤临床综合治疗的重要手段之一，大约50%以上的肿瘤患者需要接受放射治疗，但 多数鳞状细胞癌具有辐射抗拒能力。如何提高放疗的治疗效果，减少它的毒副反应， 不仅提高区域的控制率，还要减少远处转移的机会，是肿瘤临床治疗成功与否的关键。 特异性地提高肿瘤对放射线的敏感性能有效地改善放射治疗的临床疗效，以延缓或减 少肿瘤复发。因此，如何提高头颈鳞癌的放疗效应、减少局部的副反应是提高头颈鳞 癌治疗效果的关键。 放射治疗杀伤肿瘤细胞的生物学机制主要为放射线直接损伤基因组 DNA，致使肿 瘤细胞失去繁殖能力。因此，放射治疗的临床效果，取决于肿瘤细胞自身对放射线损 伤的反应性和对 DNA 损伤的修复能力。肿瘤细胞存在抗辐射性（如：对 DNA 损伤的修 复能力、细胞乏氧效应、放疗后促血管生成效应以及自噬性调节）是恶性肿瘤的重要 [4] 临床特征，极大地限制了放射治疗的最终效果 。肿瘤细胞具有DNA 损伤修复能力， 能够选择性地识别 DNA 损伤并启动 DNA 修复通路，因此肿瘤细胞对放射治疗及其他抗 肿瘤药物存在耐受性。目前基础研究和临床研究证实了 DNA 修复能够保护肿瘤细胞， [5] 抵抗放射治疗诱导的细胞杀伤