用模块化分子元件调控和编程生物系统 - 生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2012, 39(2): 119~ 125 模块化分子元件调控和编程生物系统 刘海燕* ( 中国科学技术大学生命科学学院，合肥230026) 摘要 合成生物学的目标包括“通过合成来理解生命”以及用现代工程学方法设计合成复杂生物系统 其工程学目标的实现 依赖于可集成、可调控、可重用、功能多样的蛋白质、RNA 、DNA 等基本分子元件 以分子机制为基础，合理设计与实验 室进化相结合，改造和创建生物分子的相互作用特异性、调控方式、定量活性等，是实现生物系统人工调控与编程的重要 略，同时为自下而上设计合成日益复杂的人工生物系统奠定基础 关键词 合成生物学，工程化需求，人工合成生物系统，基因组装，功能集成 学科分类号 Q6 DOI: 10.3724/SP.J.1206.20 11.00582 生物技术的发展模式、速度发生革命性变化 原有 1 合成生物学的兴起及其工程学目标 生物技术的发展模式主要是从环境 筛选具有所需 物质能量转化能力的天然生物 而新的生物技术模 据哈佛大学历史学教授Keller 的考证，“合成 式可以是在细胞 构建由天然或非天然功能元件组 生物学”一词的出现已有约100 年的历史 然而， 成、自然界不存在的人工代谢途径，形成有生物制 合成生物学作为一个新兴科学前沿的起点，是约 造能力的细胞工厂 10 年前研究者报道人工设计构建的基因 “阻遏振 为了方便在DNA 水平上用模块化、标准化的 [1] [2] 荡器” 和基因 “双态开关” 这两项研究试图 “部件”(parts)拼装 “机器”(machines)，美国麻省 证明，“通过在最基本原理指导下进行设计、构建 理工学院的研究者创立了 “标准生物元件登记库” 和验证来真正理解研究对象”这一现代科学的基本 理念，也适用于生命对象 对生物系统的人工设计 和编程很快从基因转录线路扩展到细胞内信 通路 [3] [4] 的重连接 、胞内的RNA 逻辑线路 、细胞间通信 [5] [6] 的多细胞体系 、基因线路计数器 等 这些研究为生命科学带来了新的视角 例如， 分子水平的随机性和噪音在生物网络结构和功能上 [7] 的重要性 ；当生物系统复杂性达到一定程度后， 仅凭 “直觉”很难对其功能特性做出正确判断，数 分子/ 元件 途径 网络 细胞 [8] 物理对象：模块化 学模型变得不可或缺 ，等等 可以说，合成生物 学作为生命科学的一种基本研究策略和一个新兴科 Fig.1 Modularity and engineering in synthetic biology 学前沿已得到广泛承认