芯片数据的基本处理和分析.pptVIP

浙江加州国际纳米技术研究院 分子诊断平台 zcnimdp@ * 浙江加州国际纳米技术研究院 分子诊断平台 zcnimdp@ * * * * * 不同实验类型 样本分组 ② ③ ④ ⑤ SAM结果：Expression Images SAM结果：Centroid Graphs SAM结果：Expression Graphs SAM结果：Table Views 课堂练习 使用MeV处理TDMS_format_sample.txt ，并查看结果文件； MEV程序位置：C:\zcni\shiyan3\MeV_4_6，双击TMEV.bat打开程序； 输入文件TDMS_format_sample.txt位于：C:\zcni\shiyan3\MeV_4_3\data\。 GenMAPP一款将芯片数据和代谢途径结合起来的图形化显示工具 Why Pathway Analysis? Intuitive to Biologists Provide a biological context for results More efficient than searching databases gene-by-gene Intuitive data display for sharing data Computation on Pathway Content Analyze over-representation of changed genes on pathways and ontologies Generate and compare pathway signatures between models 下载地址： ； 双击安装文件安装GenMAPP； 打开GenMAPP程序，从菜单“Data→Download Data from GenMAPP.org”下载自己感兴趣物种的MAPP文件和Gene Database。 GenMAPP安装和更新 GenMAPP基本概念 MAPP：描述了模式生物的代谢途径图。 目前MAPP数据库中包含了人(H.sapiens)、小鼠 (M.musculus)、大鼠 (R.norvegicus)、酵母 (S.cerevisiae)、 线虫 (C.elegans)、狗 (C.familiaris)、鸡 (G.gallus)、牛 (B.taurus)、果蝇 (D.melanogaster)和斑马鱼 (D.rerio)等模式生物。 Supported Species Fruit fly Human Mouse Rat Worm Yeast Zebrafish Chicken? Dog Cow Mosquito By request: Any Ensembl species Databases by other groups: Fission yeast E. coli Soon: Arabidopsis 心肌炎患者数据------脂肪酸降解途径 GenMAPP基本概念 Gene database：包含了上述物种所含基因的注释及其基因标识号（ID）。 对于每个基因，Gene Database会建立它在各个gene ID system中的对应关系。比如，Trp53基因在MGI（小鼠基因组数据库）中的标识号为MGI:98834，而在UniGene数据库中标识号为Mm.222，在Ensembl数据库中标识号为ENSMUSG00000059552。 ID System (Species) System Code Affymetrix Probe Set ID X PDB Pd EMBL Em Pfam Pf Ensembl En RefSeq Q Entrez Gene L RGD (R. norvegicus) R FlyBase (D. melanogaster) F SGD (S.cerevisiae) D Gene Ontology T UniProt/TrEMBL S HUGO H UniGene U InterPro I WormBase (C. elegans) W MGI (M. musculus) M ZFIN (D. rerio) Z OMIM Om Other O Step 1：打开“GenMAPP 2”程序。选择菜单“Data→Choose Gene Database”按照实验物种选择合适的基因库。 Step 2：从菜单“File→Open”打开相应的MAPP文件。 Step 3：从菜单“Data →Choose Expression Dataset”