《药学分子生物学》药物基因组学-1.pptxVIP

药学分子生物学第二篇 药学分子生物学应用;第七章 药物基因组学第一节 概述;;第七章 药物基因组学第一节 概述;（二）药物效应的个体多样性 在正常治疗药物用量和正常用法下出现的有害的、与用药目的无关的反应，称为药物的不良反应 个体差异（individual variability）指不同个体对同一药物不同剂量的反应存在量与质的差别 ; 引起个体差异的主要因素可以归纳为遗传因素和非遗传因素两大方面 药物基因组学关注个体和群体之间的遗传多态性，其研究重点在于阐明个体对药物不同反应的遗传学基础;（三）遗传药理学与药物基因组学 遗传药理学，也称药物遗传学（pharmacogenetics）, 将个体遗传差异和药物应答敏感性相关联 药物基因组学从基因组整体处罚研究基因序列的多态性与药物效应多样性之间的关系，研究基因本身及其突变体对不同个体药物作用效应的差异的影响，并以此为平台发现新的药物靶标、开发新的个性化药物;二、单核苷酸多态性与国际人类基因组单体型图计划 ;等位位点（allele）：同一位置上的每个碱基类型 一个人所拥有的一对等位位点的类型被称为基因型（genotype） 鉴定一个人的基因型，被称为基因分型（genotyping） ;SNP在基因组内的表现形式： 1.遍布于基因组的大量单碱基变异 2.分布在基因编码区（coding region），即cSNP，属功能性突变 SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的 1.非转录序列要多于转录序列 2.转录区非同义突变的频率，比其他方式突变的频率低得多;特征：数量多，分布广，稳定遗传，分析简单，可能引起蛋白质结构的改变和表达水平 位置：基因编码区（cSNP，coding-regions SNP），3’ 5’ 非编码区，内含子和基因之间的连接区 引起氨基酸残基改变的为非同义SNP（synonymous SNP）, 不引起氨基酸残基改变的为同义SNP（nonsynonymous SNP）; 检测SNP的技术 PCR-RFLP（限制性片段长度多态性法） 原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，作用于同一DNA片段，如果存在SNP位点，酶切片段的长度和数量则会出现差异，根据电泳的结果就可判断是否SNP位点 特点：该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该限制性内切酶的识别位点，它是SNP筛查中最经典的方法之一。;PCR-RFLP ;AS-PCR 等位基因特异性PCR 原理：根据SNP位点设计特异引物，其中的一条链（特异链）的3’末端与SNP位点的碱基互补，另一条链（普通链）按照常规方法进行设计。因为特异引物在一种基因型中有扩增产物，在另一种基因型中没有扩增产物，用凝胶电泳就能够很容易的分辨出扩增产物的有无，从而确定基因型的SNP;AS-PCR 等位基因特异性PCR;TaqMan探针方法分析SNP 原理：?针对染色体上的不同的SNP位点分别设计1对PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增，该探针的5’端和3’端分别标记一个报告荧光基团和 一个淬灭荧光基团。当溶液中有PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’端连接的荧光分子从探针上切割下来， 破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析;基因芯片 原理：是将具有特定碱基序列的探针固定在特殊的载体上，待测基因经提取，荧光标记后，与固定好的探针进行杂交，最后通过荧光强度和种类测出待测序列的碱基类别 特点：基因芯片具有信息量大和自动化程度高的突出优点。问题：芯片造价高，所需设备最终，不利于普及应用;DNA测序采用毛细管电泳技术，利用四色荧光染料标记的ddNTP，生成单链DNA混合物。由于分子大小不同决定迁移率也不同，通过窗口时，利用CCD摄影机检测器对其进行检测 ;质谱芯片MassArray 原理：通过PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上，延伸一个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶后在质谱仪的真空管经强激光激发，核算分子解吸附为单电荷例子，电场中离子飞行时间与例子质量成反比，通过检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息;应用 确定基因多态性和疾病的关系 解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 对未来疾病做出诊断 研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药物开发及临床合理用药 个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别 ;（二）国际人类基因组单体型图计划（HapMap计划） 单体型（haplotype）：是指位于染色体上倾向于整体遗传的一组紧密连锁的遗传标记物。 一个染色体区域可以有很多SNP位点，但在每一单体型中总有几个SNP对于检测这一单体型是必需的，这种SNP被称