稀溶液中线形dna分子链结构及扩散的布朗动力学模拟 - 东南大学学报.pdf

第４１卷第６期 东南大学学报（自然科 学版 ） Ｖｏｌ．４１Ｎｏ．６ 　 ２０１１年１１月 ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＳＯＵＴＨＥＡＳＴＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） 　 Ｎｏｖ．２０１１ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１－０５０５．２０１１．０６．０１８ 稀溶液中线形ＤＮＡ分子链结构 及扩散的布朗动力学模拟 １，２，３ １，２ １，２ 张　勇 　 田　田 　 肖忠党 １ （东南大学生命科学与医学工程学院，南京２１００９６） ２ （东南大学生物电子学国家重点实验室，南京２１００９６） ３ （东南大学物理系，南京２１１１８９） 摘要：通过构建全参数化的珠 弹簧分子链模型，并运用一种高效稳定的半隐式预测 校验积分 算法求解描述稀溶液中ＤＮＡ分子链结构演化的随机动力学方程组，系统研究了体积排斥作用、 有限伸长弹性作用和涨落流体动力学作用对分子链的回旋半径、质心扩散系数以及相应标度指 数的影响．模拟结果能够验证良溶剂中分子链Ｚｉｍｍ模型的标度规律，并揭示出３种非线性作 用对稀溶液中分子链静态结构属性和动力学属性不同的影响程度和变化趋势．分子链柔性对稀 溶液中ＤＮＡ结构、扩散系数以及标度指数影响都很小．溶剂品质的提高可显著增大分子链的回 旋半径，减小其扩散系数，并且使两者随链长的标度指数显著增加．流体动力学作用不改变分 子链的结构，但显著影响其扩散系数．随着流体作用的增强，分子链的质心扩散系数增大，随 链长变化的标度指数减小． 关键词：线形ＤＮＡ分子链；珠 弹簧模型；非线性作用；布朗动力学模拟；回旋半径；扩散系数 中图分类号：Ｑ６１５　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００１－０５０５（２０１１）０６１２１９０６ Ｂｒｏｗｎｉａｎｄｙｎａｍｉｃｓｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｏｆｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｎｄｄｉｆｆｕｓｉｏｎ ｏｆｌｉｎｅａｒＤＮＡｃｈａｉｎｉｎｄｉｌｕｔｅｓｏｌｕｔｉｏｎ １，２，３ １，２ １，２ ＺｈａｎｇＹｏｎｇ 　 ＴｉａｎＴｉａｎ 　 ＸｉａｏＺｈｏｎｇｄａｎｇ １ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＭｅｄｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００９６，Ｃｈｉｎａ） ２ （ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＢｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，ＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００９６，Ｃｈｉｎａ） ３ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＰｈｙｓｉｃｓ，ＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１１１８９，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｙｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇａｆｕｌｌｐａｒａｍｅｔｅｒｉｚｅｄｂｅａｄｓｐｒｉｎｇｃｈａｉｎｍｏｄｅｌａｎｄａｐｐｌｙｉｎｇａｈｉｇｈｌｙｅｆｆｉ ｃｉｅｎｔｓｅｃｏｎｄｏｒｄｅｒｓｅｍｉｉｍｐｌｉｃｉｔｐｒｅｄｉｃｔｏｒｃｏｒｒｅｃｔｏｒａｌｇｏｒｉｔｈｍ，ｔｈｅｉｎｆｌｕｅｎｃｅｏｆｔｈｒｅｅｎｏｎｌｉｎｅａｒｉｎｔｅｒ ａｃｔｉｏｎｓｉｎｃｌｕｄｉｎｇｅｘｃｌｕｄｅｄｖｏｌｕｍｅｉｎｔ