功能基因组学 miRNA相关数据库1.docVIP

HMDD V2.0数据库 HMDD (the Human microRNA Disease Database)数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息，旨在为全世界的科研工作者提供一个全面的与疾病相关的microRNA数据资源平台。第一版本HMDD是2007年12月搭建的。每条记录都有四类信息：miRNA名字，疾病名字，文献的pubmedID和miRNA-疾病关联的原始支持证据。在HMDD第二版本中提供了更全面的注释细节，包括了genetics, epigenetics, circulating miRNAs, and miRNA-target interactions。 数据库网址：51/hmdd/tools/hmdd2.html HMDD v2.0数据库主页 图1 数据库的主页 浏览界面 目前用户可以通过miRNA和疾病的名字进行浏览和搜索。比如从miRNA-target互作中浏览miRNA-疾病的关联。可按照下图的1-4步来完成。 图2 浏览界面 搜索页面 图3 搜索hsa-mir-21相关的疾病信息 图4 搜索结果 下载页面 图5 下载页面 LncRNADisease数据库 近年来，大量lncRNAs已经被鉴定，并且越来越多的证据显示lncRNAs在各种生物过程中起着关键的作用。因此，lncRNAs的功能异常与一系列疾病相关。理解lncRNAs在疾病中的作用，并鉴定疾病诊断、治疗和预后的候选lncRNAs变得非常重要。 lncRNADisease数据库收集并精选了约480个实验支持的lncRNA-疾病关联条目，包括166种疾病。LncRNADisease也在各种分子水平（包括蛋白质、RNA、miRNA和DNA）精选了478个lncRNA相互作用伙伴条目。此外，该数据库用基因组信息、序列、参考文献和物种注释了lncRNA-疾病关联；标准化了疾病名字和lncRNA功能异常类型，并为每一个条目提供了详细的描述。最后，他们还开发了一种生物信息学方法来预测新的lncRNA-疾病关联，并整合了该方法和1564个人类lncRNAs的预测的关联疾病到数据库中。 数据库网址：51/hmdd/html/tools/lncrnadisease.html LncRNADisease数据库主页 目前该数据库包含了600条lncRNA-disease关系和475条lncRNA互作信息，涉及251个lncRNA和217种疾病，来自~500篇文献。 图1 数据库的主页 浏览界面 目前用户可以通过lncRNA和疾病的名字进行浏览和搜索。比如通过lncRNA名字浏览lncRNA-疾病的关联。可按照下图的1-4步来完成。 图2 浏览界面 搜索页面 图3 搜索乳腺癌相关的lncRNA信息 图4 搜索结果 下载页面 图5 下载页面 互作信息页面 图6 互作信息 预测工具页面 假设：同一疾病的lncRNA在染色体位置上是距离近的（2KB） Figure 2. Significance of lncRNAs sharing a common disease with their neighbor genes/miRNAs. Blue triangles indicate the distributions of numbers of lncRNAs associated with the same disease as their neighbor genes/miRNAs in random cases. (we randomly re-permuted the disease associated with the lncRNAs for 10 000 times and counted the number of lncRNAs associated with the same associated disease as their neighbor genes/miRNAs.) The red arrow indicates the real number of lncRNAs associated with the same disease as their neighbor genes/miRNAs. Test 14 - strand No entry matched your predict.