微柱高效液相色谱-质谱质谱快速鉴定混合蛋白质新方法.pdf

V o l. 23 高 等 学 校 化 学 学 报 　　N o. 7　 2 0 0 2 年 7 月 　　 　　　　　CH EM ICAL JOU RN AL O F CH IN E SE U N IV ER S IT IE S　　　　　　　　　 1246～ 1250　 微柱高效液相色谱- 质谱质谱快速鉴定 混合蛋白质新方法 1 1 1 2 2, 3 1, 3 张素艳 , 王　静 , 卞利萍 , 许云敏 , 王洪海 , 杨　原 ( 1. 复旦大学化学系, 2. 遗传研究所, 3. 蛋白质组学研究中心, 上海 200433) 摘要　发展了一种混合蛋白质快速鉴定的新方法. 将几种蛋白质的混合物于热变性后直接在溶液中酶解, 利用微柱高效液相色谱离子阱串级质谱进行肽谱氨基酸序列分析, 并结合M a sco t 数据库搜索处理功能, 实现了混合蛋白质快速准确的鉴定. 关键词　混合蛋白质鉴定; 蛋白质组学; 微柱高效液相色谱; 离子阱质谱质谱; 序列分析 中图分类号　 657. 7　　　　文献标识码　 　　　　文章编号　025 10790 (2002) O A 在蛋白质组学研究中, 将质谱与二维凝胶电泳结合是当前蛋白质组学研究中必不可少的技术平 [ 1～ 3 ] 台 . 在对胶上斑点进行质谱鉴定时, 常采用胶上酶解技术获得肽段混合物, 再利用质谱技术进行 分析. 但是, 从二维凝胶电泳中分离蛋白质到单个点的酶解、提取和质谱分析是一项繁琐费时的工作. 由于肽段的回收率受到限制, 无疑给后续的分析造成了一定的困难. 如果蛋白质混合溶液不经凝胶电 泳分离, 而是直接变性后在溶液内酶解, 再利用 [4 ] 或 [ 5 ] 进行蛋白质的鉴定, M A LD I TO F E S IM S M S 无疑可以突破这些限制. [ 5 ] 最近 Y ate s 等 采用混合酶解方法, 利用二维色谱的高分离效率及串级质谱的结构解析功能, 成 功地鉴定了酵母蛋白质组中 1 484 种蛋白质, 包括大量的膜蛋白质. 本工作研究了这一混合蛋白质酶 解技术, 利用微柱高效液相色谱离子阱串级质谱对几种蛋白质的混合物进行了鉴定, 建立了适合于常 规分析的新方法. 同时本工作还提出和发展了低得分匹配蛋白质的再鉴定方法, 改进了数据库搜索准 确率, 开拓了此技术在蛋白质组学中的应用. 1　实验部分 1. 1　仪器与试剂 ( ) ( H P 1100 二元泵高效液相色谱仪 安捷伦科技 ,