油棕EST序列中SSR的分布特征分析.pdfVIP

2012年 2月 中国油料作物学报 2012，34(1)：101—105 Chinesejournalofoilcropsciences 油棕 EST序列中SSR的分布特征分析 吴春太 ，陈 青 ，刘 锐 ，李雏国1,2 (1．中国热带农业科学院橡胶研究所，海南 儋州 ，571737；2．国家橡胶树育种中心， 海南 儋州，571737；3．海南大学农学院，海南 海 口，570228) 摘要：为充分利用现有公共数据库中的EST资源开发 EST—SSR引物，本研究从 GenBank数据库获取39227 条油棕 EST，通过聚类拼接和处理，得到全长为7977．734kb的无冗余序列 15716条。在这些序列中共检索出699 个SSRs，检出率为4．45％，平均 11．41kb出现1个SSR，包括99种重复基元。其中，二核苷酸和三核苷酸重复是主 要的类型，分别 占总SSRs的38．48％和25．32％。在所有的核苷酸重复基序中，二核苷酸重复序列 AG／CT所 占比 例最高，约占27．47％。Blastx分析发现44．95％的SSR—ESTs与非冗余蛋白质序列数据库(nr)中功能基因同源， 功能已知的蛋白质中葡萄来源的SSR—ESTs所 占比例最大，为4．42％。同时对 54条 SSR—ESTs通过GO体系进 行功能分类 ，其中46条能找到同源物，其余8条无同源物，这些序列可划分为 18个亚类 ，在所有功能亚类中，结合 活性的功能项和SSR—ESTs数量最多，另外580条未被注释功能信息。 关键词 ：油棕；EST；SSR 中图分类号 ：$565．903 文献标识码 ：A 文章编号：1007—9084(2012)O1—0101—05 AnalysisofSSRcharacteristicsinESTsequencesofoilpalm (Elaeisguineens~Jacg．) WUChun—tai一，CHENQing，LIURui，LIWei—guo’ (1．RubberResearch]nstituteofChineseAcademyofTropicalAgricultureSciences，Danzhou571737，China； 2。StateCenter_厂0rRubberBreeding，Danzhou571737，China； 3．CollegeofAgriculture，HainanUnive~ity，Haikou570228，China) Abstract：InordertomakefulluseoftheESTresourcesinthepresentpublicdatabasetodeveloptheEST— SSRprimers，inthisstudy，39227ESTsofoilpalm (ElaeisguineensisJacg．)fromGenBankdatabaseweredown— loadedandanalyzed，resultingin15716non—redundantsequenceswithtotallengthabout7977．734kb．699 SSRswerediscovered，therfequencyoftheseEST—SSRswas4．45％ andthemeandistancewas11．41kbinnon — redundantESTs．Among them the dinucleotideand trinucleotiderepeatsweredominanttypes，accountingfor 38．48％ and 25．32％ respectively．AG／CT wasrepeatedmostin allnucleotiderepeatmotifs，accounting for 27．47％ ．Blastanalysisshowedthat44．95％ ofSSR—ESTswerehomologouswithfunctionalg