基于多度量学习方法的蛋白质二级结构预测.pdf

第4卷第5期 智能计算机与应用 V01．4NO．5 2014年10月 INTELLIGENTCOMPUTERAND 0et．2014 APPLICATIONS 基于多度量学习方法的蛋白质二级结构预测 张蕾1，徐鲁辉2，郑逢斌1，杨伟1 (1河南大学计算机与信息工程学院，河南开封475004；2郑州升达经贸管理学院信息工程系，郑州451191) 摘 要：针对多序列蛋白质二级结构预测问题，提出了一种基于训练集自动构造原型并自适应进行距离度量学习的大间隔多度 量学习模型。该方法首先采用欧氏距离的K—lneans聚类算法为每类样本构造原型，然后基于快速的子梯度下降算法最小化目标 损失函数，以便学习输入空间中的多个局部线性变换。特别地，度量学习模型可形式化为凸半定规划问题，因此参数求解不存在 局部极小值问题。CB513数据集上的实验结果表明，提出的方法不仅可以获得较好的预测精度，而且能够快速地进行蛋白质二级 结构预测。 关键词：二级结构预测；度量学习；凸优化；半定规划 中图分类号：TP391 文献标识码：A 文章编号：2095—2163(2014)05—0086—05 Protein StructurePredictionbasedon Secondary Large Metric MarginMultipleLearningAlgorithm ZHANG Weil Leil，XULuhui2，ZHENGFcngbinl，YANG Schoolof andinformation Henan (1 Computer engineering，HenanUniversity，Kaifeng475004，China； 2 ofInformation Trade Department Engineering．ShengdaEconomicsManagementCollege of Zhengzhou，Zhengzhou451191，China) at the of Abstract：Aimed novel solvingproblemmultiplesequenceproteinsecondary-structureprediction，a largemargin metric modelis whichcan construct and learndistancenlet— multiplelearning proposed automatically prototypesadaptively ricsbased on dataset．Inthis K—means withEuclideandista