静电和疏水效应对sars 冠状病毒3cl 蛋白酶二聚体稳定性的影响.pdf

V ol. 26 高 等 学 校 化 学 学 报 　 N o. 1　 2 0 0 5 年 1 月 　　 　　　　　CHEM ICAL JOU RNAL O F CH IN ESE UN IV ERS IT IES　　　　　 　　 55～ 60　 静电和疏水效应对 SARS 冠状病毒 3CL 蛋白酶二聚体稳定性的影响 1 1 2 1 1 2 郑柯文 , 俞庆森 , 蒋勇军 , 马国正 , 赵文娜 , 曾　敏 ( 1. 浙江大学化学系, 杭州 310027; 2. 浙江大学宁波理工学院, 分子设计与营养工程市重点实验室, 宁波 315100) 摘要　从 T GEV 3CL 蛋白酶二聚体结构出发, 研究了 T GEV 3CL 蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互 作用. 蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解 方程得到, 疏水相互作用通过分析 Poisson Boltzm ann 溶剂可及性表面模型得到. 考察了不同pH 值对 SA R S 3CL 蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响, 在 pH = 5. 5～ 8. 5 时, 二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都具有较小的数值, 表明在该条 件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在. 由于SA R S 3CL 蛋白酶活性模式为二聚体, 因此, 在该 pH 值范围内, 有利于蛋白酶保持活性. 在pH = 7. 0 条件下, 蛋白酶单体之间具有最强的静电和疏水相互作 用, 从而使蛋白酶具有最强的活性, 这与实验结果相一致. pH 值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能, 表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因. 关键词　SA R S 3CL 蛋白酶二聚体; 静电作用; 疏水作用; pH 值 中图分类号　 614　　　　文献标识码　 　　　　文章编号(2005) O A 对传染性非典型肺炎(Severe A cute R esp iratory Syndrom e, SA R S) 病毒的研究表明[ 1～ 5 ] , 冠状病毒 ( ) 的主要蛋白酶 3CL 蛋白酶 在病毒的复制过程中起到了重要作用, 其基因具有高度的保守性, 是药物 [ 6 ] 设计的关键靶标. A hand 等 研究发现, 冠状病毒主蛋白酶前体蛋白在胞膜上通过分子间特异性识别, 聚集在一起完成自剪切过程, 而从前体蛋白剪切下来的的主蛋白酶会自相识别, 结合成特定形状的二 聚体, 完成其后的生理功能. 最新实验研究发现, SA R S 3CL 蛋白酶单体活性十分弱, 主要通过二聚体 [ 7 ] 发挥其生物活性 , 因此,