dna 与二脒db293 复合物的分子动力学模拟 - 化学通报.pdf

化学通报 2009 年 第72 卷 w002 研究简报 DNA 与二脒DB293 复合物的分子动力学模拟 马国正 张青山 (华南师范大学化学与环境学院 广州 510006) 摘 要 采用分子动力学模拟了 DNA 小沟与芳香二脒化合物 DB293 结合形成的复合物，通过 5ns 的模 拟研究表明，DB293 分子可紧密结合在 DNA 的AATT 小沟区域，和双螺旋 d[CGCGAATTCGCG]2 形成稳定的 复合物。DB293 中苯并咪唑环的氮原子N2 能够与 DNA 胸腺嘧啶碱基 T7 的O2 原子和 T19 的O2 原子形成两 个较强的氢键，同时，其末端氨基的 N3 原子和 T20 的 O2 原子形成一个较弱的氢键。这些结果在分子水平上 提供了 DB293 直接与双螺旋 DNA 相互作用的结构及复合物的动态变化情况，为设计出更高活性的芳香二脒类 DNA 小沟结合剂提供一定的理论依据。 关键词 DNA DB293 动力学模拟 DNA-DB293 Complex: Molecular Dynamics Simulations Ma Guozheng, Zhang Qingshan (School of Chemistry Environment, South China Normal University, Guangzhou 510006) Abstract Molecular dynamics(MD) simulations were used to investigate the interaction of DB293 with the DNA oligonucleotide d[CGCGAATTCGCG]2 . A 5 ns MD calculation was performed to study the DB293-DNA complex and the results indicate that DB293 was inserted in the minor groove of DNA, binding to the region of duplex AATT bases. The bifurcated pair of H-bonds was formed between nitrogen atom of the benzimidazole ring and oxygen atoms of the thymine 7 and thymine 19, and another H-bond was formed between nitrogen atom of the amidinium group and oxygen atoms of thymine 20. MD studies complement the structural analysis and provide a clear picture of the complex, providing the theoretical guidance for the design of biologically active minor groove agents. Keywords DNA, DB293, Molecular dynamics DNA 小沟是酶和蛋白质转录控制的主要靶标，同时也是药物设计以及 DNA 序列选择识别的一个重 要靶标[1] 。许多DNA 的小沟结合剂，诸如berenil 、戊双脒（pentamidine ）、呋喃二脒（furamidine ）及其 类似化合物都有明显的抗原生动物活性。其中，Pentamidine