dna 与二脒db293 复合物的分子动力学模拟 - 化学通报.pdfVIP

化学通报 2009 年 第72 卷 w002 研究简报 DNA 与二脒DB293 复合物的分子动力学模拟 马国正 张青山 (华南师范大学化学与环境学院 广州 510006) 摘 要 采用分子动力学模拟了 DNA 小沟与芳香二脒化合物 DB293 结合形成的复合物，通过 5ns 的模 拟研究表明，DB293 分子可紧密结合在 DNA 的AATT 小沟区域，和双螺旋 d[CGCGAATTCGCG]2 形成稳定的 复合物。DB293 中苯并咪唑环的氮原子N2 能够与 DNA 胸腺嘧啶碱基 T7 的O2 原子和 T19 的O2 原子形成两 个较强的氢键，同时，其末端氨基的 N3 原子和 T20 的 O2 原子形成一个较弱的氢键。这些结果在分子水平上 提供了 DB293 直接与双螺旋 DNA 相互作用的结构及复合物