牛血清白蛋白胰蛋白酶酶解产物的色谱2质谱联用分析及其三种数据库 .pdfVIP

ISSN 中国生物化学与分子生物学报 2004 年 6 月 CN 　113870Q Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology 20 (3) :393～398 ·技术与方法· 牛血清白蛋白胰蛋白酶酶解产物的色谱质谱联用分析 及其三种数据库搜寻鉴定方法的比较 王贤纯 , 　范春明 , 　唐新科 , 　陈 　平 , 　梁宋平 (湖南师范大学生命科学学院 ,长沙　410081) ( ) ( ) 摘要 　利用反相高效液相色谱 RPHPLC 和电喷雾串联质谱 ESIMSMS 联用技术直接对模式蛋 ( ) 白分子 牛血清白蛋白 ,BSA 的胰蛋白酶酶解产物进行分离和测定. 获得的一系列 BSA 酶解片段的 ( ) ( ) 一级 MS 和二级 MSMS 质谱数据经分析软件处理后 ,分别在不同处理和不同参数条件下 ,用 3 种 不同的方法通过网上蛋白质数据库进行蛋白质搜寻鉴定. 结果显示 ,3 种搜寻法都能正确地鉴定该 ( ) 蛋白质 ,其中以利用 MS 数据的肽质量指纹谱搜寻法 PMF 法 较为快捷方便 ,但鉴定结果易受数据 ( ) 处理和数据库搜寻鉴定时参数设置等因素的影响 ;利用未解析MSMS 数据 raw MSMS data 的搜寻 ( ) 法可在较宽的搜寻参数变化范围内获得明确的鉴定结果 ;而借助从头测序 de novo sequencing 结果 ( ) 的序列搜寻法 sequence query 则显示出更高的专一性 ,利用较少酶解片段数据就能得到稳定和明 确的鉴定结果 ,搜寻参数变化的影响很小. 就酶解条件、数据处理和搜寻参数设置对蛋白质鉴定结 果的影响展开详细的讨论 ,为蛋白质组学研究中的数据处理和库搜寻鉴定积累了可借鉴的资料. ( ) 关键词 　色谱质谱 ,牛血清白蛋白 BSA ,蛋白质数据库搜寻 ,鉴定方法比较 中图分类号 　Q51 ,O65763 Chromatography Mass Spectrometric Analysis of BSA Digest and Comparison of Protein Identification