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2017-09-02 发布于天津
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cdk22抑制剂结合自由能计算 - 上海有机化学研究所.pdf

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cdk22抑制剂结合自由能计算 - 上海有机化学研究所

2004 年第 62 卷化学学报 Vol. 62 , 2004 第 18 期 , 1751～1754 ACTA CHIMICA SINICA No. 18 , 1751 ～1754 CD K2抑制剂结合自由能计算蒋勇军　　曾　敏　　周先波　　邹建卫　　俞庆森 (浙江大学宁波理工学院分子设计与营养工程市重点实验室　宁波 315104) ( ) 摘要　细胞周期蛋白依赖性激酶 II cyclindependent kinase 2 , CDK2 是一种重要的治疗癌症的靶标. 本文中采用分子动力学取样 ,运用 MMPBSA/ GBSA 两种方法计算了 CDK2NU6102 复合物的绝对结合自由能. 通过能量分解的方法考察了 CDK2 大分子主要残基与配体 NU6102 之间的相互作用和识别. 关键词　分子动力学 ,MMPBSA/ GBSA ,结合自由能 ,CDK2 ,抑制剂 Free Energy Analysis of CD K2Inhibitor Interaction J IANG, YongJun 　　ZENG, Min 　　ZHOU , XianBo 　　ZOU , JianWei 　　YU , QingSen ( Key Laboratory for Molecular Design and Nutrition Engineering , Ningbo Institute of Technology , Zhejiang University , Ningbo 315104) Abstract 　The cyclindependent kinases play important roles in regulation of the cell cycle. Their inhibitors have entered clinical trials to treat cancer. In the paper , the absolute binding free energy of cyclindependent kinase 2 with a potent purinebase inhibitor NU6102 was calculated by molecular dynamics simulation with MMPBSA/ GBSA methods , and reasonable results were obtained. Furthermore , the interaction between CDK2 and NU6102 was evaluated by energy decomposition analysis. Keywords 　molecular dynamics , MM- PBSA/ GBSA , binding free energy , CDK2 , inhibitor 　　自由能计算在生物分子模拟中有着重要的应用. 准确地 CDKs) 是一类 Ser/ Thr 蛋白激酶 ,直接参与调控细胞分裂周预测自由能 ,能更好地理解生物