人类蛋白质结构互作网络 - 生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2010, 37(5): 517~526 人类蛋白质结构互作网络 ———结构域对网络拓扑与蛋白质功能的影响* 1)**,*** 1)** 1)** 1) 2) 3) 陈丽娜 王 倩 尚玉奎 张良才 孙 钊 何伟明 1) 1) 1) 1) 1) 赵 研 李 琬 王 宏 何月涵 李 霞 1) 2) ( 尔滨医科大学生物信息科学与技术学院，哈尔滨 150086； 哈尔滨医科大学2005 级七年制，哈尔滨 150086； 3) 尔滨工业大学光电子技术研究所，哈尔滨150086) 摘要 高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现，使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络，进一步 揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能 蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能 单元 然而，结合蛋白质的结构信息(例如蛋白质结构域数目、长度和覆盖率等)来研究这些表象后的内部机制仍然面临着挑 战 将蛋白质分为单结构域蛋白质与多结构域蛋白质，并进一步结合蛋白质互作信息与结构域互作信息构建了人类蛋白质结 构互作网络；通过与人类蛋白质互作网络进行比较，研究了人类蛋白质结构互作网络的特殊结构特征；对于单结构域蛋白质 与多结构域蛋白质，分别进行了功能富集分析、功能离散度分析以及功能一致性分析等 结果发现，将结构域互作信息综合 考虑进来后，人类蛋白质结构互作网络可以提供更多的单纯的蛋白质互作网络无法提供的细节信息，揭示蛋白质互作网络的 复杂性 关键词 结构域，蛋白质结构互作网络，蛋白质功能 学科分类号 Q50 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2009.00640 随着高通量蛋白质互作数据的积累，蛋白质互 [11-12] 建识别分子结构域结构的合理模型 ，同时一系 [1] [13] 作信息已经被广泛地应用到功能模块的挖掘 、蛋 列相关的结构域数据库业已建立，比如Pfam ， [2] [3-4] [14] [15] 白质复合物的鉴别 以及进化网络的分析 然 CATH ，SCOP 等 而，单纯利用蛋白质互作数据的分析方法仍然面临 最近，有多篇文章研究了结构域区域或结构域 [16-19] 着以下几个问题：a 由传统的高通量技术所产生 互作与蛋白质互作网络间的关系 ，发现结构域 的蛋白质互作数据存在大量的假阳性或假阴性信