乙型肝炎病毒cccDNA检测方法建立及初步应用.doc

乙型肝炎病毒cccDNA检测方法建立及初步应用[摘要]目的：建立和应用聚合酶链反应法(PCR)检测慢性乙型肝炎患者肝组织中乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA(cccDNA)。方法：应用选择性PCR的方法检测30例乙肝患者肝组织中cccDNA，同时验证此方法的特异性。结果：31例慢性乙型肝炎患者肝组织中，10例HBV cccDNA阳性，阳性率为32.3％。HBV cccDNA阳性组的ALT、HBV DNA、和HBeAg水平均明显高于阴性组(P0.01和P0.05)。结论：该方法操作简单，特异性好，可用于测定肝组织中HBV cccDNA，用于了解乙肝患者病情和传染性强弱以及评价抗乙肝病毒药物的疗效。 [关键词]乙型肝炎病毒；共价闭合环状DNA；聚合酶链反应；慢性乙型肝炎 [中图分类号] R512.6+2　[文献标识码]A　[文章编号]1673－7210(2009)02(c)－016－03 在感染的肝细胞核内可检测到一种不同形式的病毒DNA共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA，cc－cDNA)，不与蛋白共价结合。cccDNA是嗜肝DNA病毒科病毒基因组的复制中间体，是嗜肝DNA病毒mRNA和前基因组RNA的合成模板，虽然其含量较少，但对乙肝病毒的复制以及感染状态的建立具有十分重要的意义，是嗜肝病毒持续感染的关键因素。因此，我们选择其特异性引物，建立了乙肝病毒肝组织的cccDNA检测方法。 1　材料与方法 1.1研究对象 慢性乙型肝炎患者肝组织标本31例和2例HBV DNA阳性肝癌肝组织标本；HBV DNA阳性血清标本1例，HBV DNA含量为107 copies/ml；HBV DNA阴性血清标本和HBV阴性肝组织标本各l例作为阴性对照，－70℃保存。诊断符合2000年第十次全国病毒性肝炎与肝病学术会议修订的病毒性肝炎诊断标准。 1.2仪器 PCR自动循环仪，AG－9600 Thermal Station，AcuGen Sva－terns。 1.3引物的设计和合成 由于松弛环状DNA(rcDNA)的正链和负链上均存在缺口，故可以设计跨越两个缺口的引物，使rcDNA不会被扩增，而cccDNA由于为完整的双链结构，则可以被选择性扩增，通过GENERUN软件设计一对跨越缺口的最佳引物，BA3为：5－CCG ACC ACG GGG CGC ACC TCT CTI”TAC G－3，BA4为：5－CAA GGC ACA GCT TGG AGG CTT GAACAGT－3，扩增目的基因片段为373 bp。 同时，另设计一对引物，正义引物和反义引物均位于负链缺口下游双链区域，能同时扩rcDNA和cccDNA。BAl为：5’－GCC TCC AAG CTG TGC CTT G－3；BA2为：5－TCT GCGACG GCG ATT GAG－3。引物由北京赛百盛基因技术有限公司合成。 1.4实验方法 1.4.1肝组织匀浆制备　取肝组织100－200 mg于样品管中，用干净的剪刀将组织块剪碎，加NS约500μl，匀浆30s，放人离心管中，离心10min(2000 r/min)。 1.4.2　PCR扩增HBV cccDNA在10μl模板中加入PCR反应液40μl，混匀。50 μl反应体系中，含10xPCR buffer，引物BA3和BA4各200ng/ml，镁离子终浓度为2mmol/L，dNTP终浓度为200 μmol/L，TaqDNA聚合酶为2U。混匀离心，覆盖灭菌液体石蜡油。PCR条件为：94℃预变性5 min，然后按以下参数扩增：94℃，45s；55℃，45s；72℃，45s，共35个循环，72℃延伸5min，最后4℃→∞，得到PCR产物。整个实验过程均设阴性及阳性对照。 1.4.3 PCR产物的检测用1％琼脂糖电泳，0.5μg/ml溴化乙锭(EB)染色后，与标准分子量对比，PCR产物的预计分子量为373 bp。 1.4.4特异性检测取上述乙肝患者血清、HBV DNA阳性肝癌患者肝组织以及HBV阴性肝组织标本和阴性血清标本，用BA1/BA2进行扩增，反应总体积为50μl，循环参数为：94℃，5min；94℃，30s；62℃，30s；72℃，45s，共38个循环，72℃5min。扩增产物用2％琼脂糖电泳，得到PCR产物。 1.5统计学方法 数据以均数±标准差(x±s)表示，采用t检验或X2。检验进行分析，P0.05表示差异有统计学意义。 2　结果 2.1 PCR扩增HBV cccDNA检测见图1。 2.2特异性检测 用引物BA3/BA4进行PCR检测时，1例乙型肝炎患者