冷杉基因组DNA遗传标记芯片的构建与分析CreatingandAnalyzing.PDF

分子植物育种(网络版), 2011 年, 第9 卷, 第1726-1734 页 Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1726-1734 http://mpb. 技术主题 Technology Feature 冷杉基因组DNA 遗传标记芯片的构建与分析 饶龙兵 中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 富阳, 311400 通讯作者: raolb@163.com 作者 分子植物育种, 201 1 年, 第9 卷, 第101 篇 doi: 10.5376/.201 1.09.0 101 收稿日期：2011 年08 月14 日 接受日期：2011 年09 月07 日 发表日期：2011 年09 月15 日 这是一篇采用Creative Commons Attribution License 进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条 件的使用与传播。 引用格式(中文) ： 饶龙兵, 2011, 冷杉基因组DNA 遗传标记芯片的构建与分析, 分子植物育种(online) Vol.9 No.101 pp.1726-1734 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0101) 引用格式(英文) ： Rao, 2011, Creating andAnalyzing of Biochip of Genetic Markers on Genomic DNA of Abies , Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.9 No. 101 pp.1647-1653 (doi: 10.5376/.2011.09.0101) 摘 要 分子遗传标记技术正在从以测量DNA 片段大小的凝胶电泳技术向以杂交为基础的高通量芯片技术过渡。本文主要 研究了冷杉基因组DNA 提取方法、基因组DNA 的复杂性和复杂性降低方法、芯片的文库构建、芯片质量控制和有效标记 参数选取、基因组DNA 遗传标记芯片的制作方法，并将冷杉基因组DNA 遗传标记芯片在冷杉遗传多样性检测中做了初步 应用。研究结果表明：用改良的CTAB 法提取冷杉基因组DNA 质量较好，满足生物芯片对DNA 质量要求；利用Pst Ⅰ+Taq Ⅰ +Mse Ⅰ酶切组合和Pst Ⅰ引物扩增得到克隆片段数量与质量均较好；试验共挑选4 608 克隆点(标记点)制作芯片，得到 821 个有效标记点，得率约17.8% ；用该芯片试分析8 个供试样品遗传多样性水平，结果显示8 个样品多态位点百分率为 100%， 多态信息指数为0.40，利用得到的标记位点可以有效开展8 个样品的遗传关系分析，样品遗传距离位置和大小在重复样品中 支持率为100%，表明结果可靠。本试验将生物芯片技术和遗传标记技术结合起来，成功制作了能用于遗传分类和遗传多样 性检测的冷杉基因组DNA 遗传标记芯片，该技术还可以广泛应用于遗传作图、分子辅助育种、物种分类和进化等研究。 关键词 冷杉; 基因组DNA; 遗传多样性; 遗传标记芯片技术 Creating and Analyzing of Biochip of Genetic Markers on Genomic DNA of Abies Rao Longbing The Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang, 311400, P.R. China Corresponding author, raolb@163.com; Authors Abstract Molecular genetic marker technologies are undergoing a transition from gel-based assays measuring DNA fragment sizes to hybridization-based microarray assays with high throughput. The methods of extracting and enzyme digestion of genomic DNA, creating mi